耐辐射球菌转录因子DdrO的基因克隆与生物信息学分析 |
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引用本文: | 杜邱,何淑雅,马云,李斌元,孙晓宇,廖端芳.耐辐射球菌转录因子DdrO的基因克隆与生物信息学分析[J].生物磁学,2011(6):1037-1042,1071. |
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作者姓名: | 杜邱 何淑雅 马云 李斌元 孙晓宇 廖端芳 |
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作者单位: | [1]南华大学公共卫生学院,湖南衡阳420001 [2]南华大学生物化学与分子生物学研究所,湖南衡阳420001 [3]南华大学药理教研室,湖南衡阳420001 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(30770647); 湖南省自然科学基金(08JJ3033); 湖南省科技厅科技计划项目(2010SK3036) |
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摘 要: | 目的:克隆耐辐射球菌ddrO基因,并对其进行生物信息学分析,预测其功能。方法:根据耐辐射球菌ddrO基因序列,由Primer Premier 5设计一对引物,以提取的耐辐射球菌基因组为模板,PCR扩增获得耐辐射球菌ddrO基因,序列测定并利用生物信息学软件对ddrO基因的理化性质、高级结构及生物学功能等进行分析与预测。结果:成功获得了ddrO基因。生物信息学分析发现,ddrO基因核苷酸序列长度为396bp,编码一个131aa组成的相对分子质量为14.993kD的预测的DdrO转录因子。核酸同源性搜索及比较分析仅在与耐辐射球菌同属的Deinococcus geothermalis和Deinococcus deserti中发现高度相似的序列;蛋白同源性搜索发现一些与DdrO显著同源的蛋白,如Deide_20570(95%),Dgeo_0336(90%),Deide_3p02170(82%)等;结构域分析发现DdrO含有HTH(helix-turn-helix)DNA结合结构域。结论:根据生物信息学结果预测DdrO蛋白可能具有转录调控作用,参与DNA修复和复制,在耐辐射球菌的DNA损伤修复过程中发挥一定作用。
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关 键 词: | 耐辐射球菌 ddrO基因 基因克隆 生物信息学 |
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