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棕头鸥线粒体基因组全序列测定与分析
引用本文:杨超,汪青雄,黄原,肖红.棕头鸥线粒体基因组全序列测定与分析[J].遗传,2012(11):1450-1462.
作者姓名:杨超  汪青雄  黄原  肖红
作者单位:陕西省动物研究所;陕西师范大学生命科学学院
基金项目:陕西省科学院重点项目(编号:2011K-02);陕西省科学院青年基金项目(编号:2012K-26)资助
摘    要:基于长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了棕头鸥(Larus brunnicephalus)的线粒体基因组全序列。结果表明,棕头鸥线粒体基因组全长16 769 bp,GenBank登录号JX155863。基因含量和排列次序与红原鸡一致,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA和一个D-loop区(控制区)。除COI基因以GTG、ND3基因以ATT为起始密码子外,其余11个蛋白质编码基因均以ATG起始。11个蛋白质编码基因以典型的完全终止密码子AGG、TAG、TAA或AGA终止,COIII和ND4基因为不完全终止密码子T。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer(AGN)缺少DHU臂,tRNAPhe的TψC臂出现第4种排列形式。预测的棕头鸥12S和16S rRNA二级结构分别包括4个结构域47个茎环和6个结构域60个茎环。其他鸟类控制区发现的F-box、E-box、D-box、C-box、B-box、Bird similarity-box和CSB-boxes(1-3)也存在于棕头鸥中,预测了控制区H链复制起始序列OH和双向复制起始序列LSP/HSP。系统发育分析支持将棕头鸥划归为面具鸥族(Masked gulls)。

关 键 词:棕头鸥  线粒体基因组  RNA二级结构  控制区结构

Analysis of the complete mitochondrial genome sequence of Larus brunnicephalus(Aves,Laridae)
YANG Chao,WANG Qing-Xiong,HUANG Yuan,XIAO Hong.Analysis of the complete mitochondrial genome sequence of Larus brunnicephalus(Aves,Laridae)[J].Hereditas,2012(11):1450-1462.
Authors:YANG Chao  WANG Qing-Xiong  HUANG Yuan  XIAO Hong
Institution:1.Shaanxi Institute of Zoology,Xi’an 710032,China; 2.School of Life Sciences,Shaanxi Normal University,Xi’an 710062,China
Abstract:
Keywords:
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