| 下一代测序中ChIP-seq数据的处理与分析 |
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| 作者姓名： | Gao S Zhang N Li B Xu S Ye YB Ruan JS |
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| 作者单位： | 南开大学数学学院;重庆大学生物工程学院;中国科学技术信息研究所;中国科学院武汉病毒研究所 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(编号:31050110432,68075049)资助 |
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| 摘 要： | 将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与下一代高通量测序技术相结合的染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq),已成为功能基因组学、特别是基因表达调控领域研究的关键技术。ChIP-seq实验带来的海量数据向生物信息学研究人员提出了新的挑战。由于此领域数据处理技术的发展大大滞后于实验技术进步,有必要系统地介绍和回顾ChIP-seq数据处理的各个方面,以便更多研究人员进入此领域设计或改进相应的算法。文章结合实例详细介绍了ChIP-seq数据整个流程,并重点讨论了其中的主要问题和关键环节,为这一研究领域的科研人员提供一个快速而深入的认识。
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| 关 键 词： | 下一代测序 ChIP-seq 数据处理 转录调控 表观遗传学 |
Processing and analysis of ChIP-seq data |
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| Gao S,Zhang N,Li B,Xu S,Ye YB,Ruan JS.Processing and analysis of ChIP-seq data[J].Hereditas,2012,34(6):773-783. |
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| Authors: | Gao Shan Zhang Ning Li Bo Xu Shuo Ye Yan-Bo Ruan Ji-Shou |
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| Institution: | College of Mathematics, Nankai University, Tianjin 300071, China. gao_shan@mail.nankai.edu.cn |
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| Abstract: | |
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