机器学习方法在CRISPR/Cas9系统中的应用 |
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引用本文: | 张桂珊,杨勇,张灵敏,戴宪华.机器学习方法在CRISPR/Cas9系统中的应用[J].遗传,2018(9). |
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作者姓名: | 张桂珊 杨勇 张灵敏 戴宪华 |
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作者单位: | 中山大学电子与信息工程学院 |
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摘 要: | 基于CRISPR/Cas9系统介导的第三代基因组定点编辑技术,已被广泛应用于基因编辑和基因表达调控等研究领域。如何提高该技术对基因组编辑的效率与特异性、最大限度降低脱靶风险一直是该领域的难点。近年来,机器学习为解决CRISPR/Cas9系统所面临的问题提供了新思路,基于机器学习的CRISPR/Cas9系统已逐渐成为研究热点。本文阐述了CRISPR/Cas9的作用机理,总结了现阶段该技术面临的基因组编辑效率低、存在潜在的脱靶效应、前间区序列邻近基序(PAM)限制识别序列等问题,最后对机器学习应用于优化设计高效向导RNA(sg RNA)序列、预测sg RNA的活性、脱靶效应评估、基因敲除、高通量功能基因筛选等领域的研究现状与发展前景进行了展望,以期为基因组编辑领域的研究提供参考。
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