| 蒙古沙冬青保守microRNAs的鉴定及靶基因预测 |
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| 引用本文： | 高飞,孙鹏,陈静,李章磊,张孜宸,李华云,王宁,周宜君.蒙古沙冬青保守microRNAs的鉴定及靶基因预测[J].遗传,2014,36(5):485-494. |
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| 作者姓名： | 高飞 孙鹏 陈静 李章磊 张孜宸 李华云 王宁 周宜君 |
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| 作者单位： | 中央民族大学生命与环境科学学院, 北京 100081 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(编号:31070361,31370356);教育部科学技术研究重点项目(编号:210266);国家985工程项目和高等学校学科创新引智计划项目(编号:B08044)资助 |
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| 摘 要： | 蒙古沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)是生长在荒漠中的木本植物, 对于我国西北部干旱、半干旱区域的植被维护与恢复具有重要价值。蒙古沙冬青对干旱、低温等多种逆境具有较高的耐受性, 是研究林木耐受逆境生理与分子机制的合适材料。MicroRNA(miRNA)是一类长度约为21个核苷酸的内源性非编码小分子RNA, 在植物生长发育和逆境应答等生物学过程中发挥着重要的调控作用。目前, 许多植物物种的miRNAs已经获得鉴定, 但未见蒙古沙冬青miRNAs的相关报道。文章应用高通量测序和生物信息学分析方法对蒙古沙冬青幼苗保守miRNAs的类型、表达丰度以及靶基因进行了分析和预测。共鉴定了10个家族的19种保守miRNAs, 其表达丰度介于55~1920269个拷贝之间。通过在线软件psRNATarget预测了其中14个保守miRNAs的靶基因。对于这些靶基因的功能分析表明, 蒙古沙冬青的保守miRNA主要通过转录调控、激素信号途径、物质代谢和胁迫应答等生物学过程参与植物生长发育和环境响应。
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| 关 键 词： | 蒙古沙冬青 microRNAs 高通量测序 靶基因预测 |
| 收稿时间： | 2013-10-23 |
Identification and target prediction of conserved microRNAs in Ammopiptanthus mongolicus |
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| Institution: | College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China, Beijing 100081, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Ammopiptanthus mongolicus microRNAs deep sequencing technology target prediction |
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