水稻扩展蛋白家族的生物信息学分析 |
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引用本文: | 施杨,徐筱,李昊阳,徐倩,徐吉臣.水稻扩展蛋白家族的生物信息学分析[J].遗传,2014(8). |
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作者姓名: | 施杨 徐筱 李昊阳 徐倩 徐吉臣 |
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作者单位: | 北京林业大学;林木育种国家工程实验室; |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(编号:31128016)资助 |
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摘 要: | 扩展蛋白是植物细胞壁的重要组成部分,具有松驰细胞壁和增加细胞壁柔韧性的作用,在植物的生长发育及抗性等方面起到重要的作用。水稻的全基因组序列统计分析显示,水稻扩展蛋白基因家族包含58个成员,分属于A(34)、B(19)、LA(4)和LB(1)4个亚家族,分布在水稻10条染色体上的58个位点,且同一亚家族成员有成簇存在的现象。扩展蛋白基因长度范围为687~1128 bp,编码蛋白质具有保守的结构域,以及保守的半胱氨酸和色氨酸残基。多数情况下,亚家族成员之间的氨基酸一致率小于35%,而同一亚家族成员之间的氨基酸一致率大于35%。在内含子、外显子组成模式上,水稻扩展蛋白呈现明显的亚家族特异性,除个别基因以外,A类基因含有1或2个内含子,B类含有3个内含子,LA和LB类含有4个内含子。密码子使用统计显示,与其他物种相比,水稻中的扩展蛋白具有更多的密码子使用偏好性,有26个高频密码子存在。研究结果展示了水稻扩展蛋白基因家族的基本信息,为深入研究扩展蛋白基因的功能、探讨物种间的进化关系奠定基础。
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关 键 词: | 水稻 扩展蛋白 细胞壁 基因家族 生物信息学 |
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