| 基于DNA池测序法筛选奶牛高信息量SNP标记的可行性 |
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| 引用本文： | 初芹,李东,侯诗宇,石万海,刘林,王雅春.基于DNA池测序法筛选奶牛高信息量SNP标记的可行性[J].遗传,2014(7). |
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| 作者姓名： | 初芹 李东 侯诗宇 石万海 刘林 王雅春 |
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| 作者单位： | 北京市农林科学院畜牧兽医研究所;中国农业大学动物科技学院;畜禽育种国家工程实验室;鞍山恒利奶牛场;北京奶牛中心; |
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| 基金项目： | 国家科技攻关计划项目(编号:2011BAD28B02);现代农业产业技术体系专项资金(编号:CARS-37);长江学者与创新团队发展计划项目(编号:IRT1191);国家自然科学基金项目(编号:31172191)资助 |
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| 摘 要： | 首先选择139个牛SNP标记,利用DNA池测序法,根据测序峰图中不同碱基信号峰高的比值确定了92个SNP为高信息量标记(比值1/2);为了进一步验证筛选的准确性,对其中59个标记采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术检测了122头荷斯坦牛的基因型。结果显示,检出率高于85%的标记有56个,其平均最小等位基因频率(Minor allele frequency,MAF)为0.41,最小值为0.27,最大值为0.5;MAF0.3的标记有54个,占96.4%(54/56)。文章结果表明,采用DNA池测序法筛选高信息量SNP标记是可行和可信的。
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| 关 键 词： | 奶牛 DNA池 SNP标记 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术 最小等位基因频率 |
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