| 酿酒酵母核小体定位理论模型的体外实验验证 |
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| 引用本文： | 王成爱,赵宏宇,邢永强,邵灵利,蔡禄.酿酒酵母核小体定位理论模型的体外实验验证[J].生命科学研究,2014(1):21-27. |
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| 作者姓名： | 王成爱 赵宏宇 邢永强 邵灵利 蔡禄 |
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| 作者单位： | 内蒙古科技大学数理与生物工程学院; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(61072129);内蒙古自然科学基金资助项目(2013MS0514) |
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| 摘 要： | 核小体定位对真核生物基因表达调控发挥着重要作用。前期基于核小体核心及连接区域的k-mer频次分布偏好性,构建了位置权重矩阵算法,并在酿酒酵母基因组内较好地预测了核小体占据率。利用该理论模型,以1 bp碱基为步长、147 bp碱基为窗口,用该算法计算了酵母1号、3号、14号染色体上核小体形成能力强、中、弱各3条长度为147 bp的DNA序列,将这些片段克隆到重组质粒中,大量扩增回收9条标记biotin分子的目的序列。同时分别表达纯化了组蛋白H2A、H2B、H3和H4,复性后装配形成组蛋白八聚体结构。利用盐透析方法将9条DNA序列在体外组装形成核小体结构,经biotin标记检测后计算了反应过程的吉布斯自由能,对比了9条目的序列形成核小体的亲和力大小。研究发现,9条序列中有5条序列与理论预测完全符合,4条序列与理论预测不完全一致。实验结果与该算法预测的核小体定位结果基本一致,表明该理论模型能够有效预测酿酒酵母基因组核小体占据水平。
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| 关 键 词： | 酿酒酵母 核小体定位 位置权重矩阵 盐透析法 体外实验 |
In vitro Experimental Verification of Theoretical Model of Nucleosome Positioning on Saccharomyces cerevisiae |
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