| 基于新一代高通量测序的环境微生物转录组学研究进展 |
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| 引用本文： | 蔡元锋,贾仲君.基于新一代高通量测序的环境微生物转录组学研究进展[J].生物多样性,2013,21(4):401-410. |
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| 作者姓名： | 蔡元锋 贾仲君 |
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| 作者单位： | 中国科学院南京土壤研究所土壤与农业可持续发展国家重点实验室,南京,210008 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金重大项目 |
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| 摘 要： | 环境微生物转录组学是一门新兴学科,它以复杂环境样品中的微生物mRNA为研究对象,利用近年兴起的RNA-Seq高通量测序技术,在整体水平上对环境微生物的基因表达水平和调控规律进行研究.本文概述了环境微生物转录组研究从样品的采集保存、RNA提取、mRNA的富集、cDNA合成直到高通量测序及数据分析的基本流程.总结了该技术面临的主要瓶颈:环境样品mRNA含量低、腐植酸等干扰杂质多、rRNA去除程度有限.针对RNA的提取、纯化以及mRNA的富集这些重点步骤,详细阐述了近年来在提高mRNA的得率与纯度上的方法学进展.重点介绍了高通量测序数据的处理及分析方法,从测序数据的质量控制、序列组装、rRNA的鉴定及去除、功能基因注释及分类到差异表达基因的鉴定.最后总结了近年来环境微生物转录组学在新基因的发现、不同环境条件下微生物的基因表达及调控规律研究、有机物的代谢路径分析等3个主要研究领域的广泛应用.随着测序技术及生物信息学分析工具的发展进步,环境微生物转录组学将具有更广阔的应用前景.
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| 关 键 词： | 转录组学 RNA-seq 高通量测序 环境微生物学 |
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