| 基于简化基因组测序的大黄鱼耐高温性状全基因组关联分析 |
| |
| 引用本文： | 陈小明,李佳凯,王志勇,蔡明夷,韩芳,刘贤德.基于简化基因组测序的大黄鱼耐高温性状全基因组关联分析[J].水生生物学报,2017,41(4):735-740. |
| |
| 作者姓名： | 陈小明 李佳凯 王志勇 蔡明夷 韩芳 刘贤德 |
| |
| 作者单位： | 集美大学水产学院,农业部东海海水健康养殖重点实验室,厦门 361021 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(31172397和31402339)，福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划(JA14167)资助[Supported by the National Natural Science Foundation of China(31172397 |
| |
| 摘 要： | 利用Illumina HiSeqTM 2500测序平台, 对通过高温胁迫实验筛选得到的20尾耐高温和20尾不耐高温的大黄鱼(Larimichthys crocea)进行了简化基因组测序(SLAF-seq), 每个样本的平均测序深度达到10.26×, 共获得419211个高质量的群体单核苷酸多态性(SNP)位点 。利用TASSEL软件的混合线性模型(MLM)进行全基因组关联分析(GWAS), 共筛选到38个与大黄鱼耐高温性状显著相关的SNP位点(P<2.39E–08)。利用BLAST程序定位每个SNP位点在大黄鱼基因组中的位置, 并分析其周围的功能基因。结果在38个SNPs附近共找到26个已知的功能基因, 这些基因主要与细胞转录、代谢、免疫等功能相关。研究结果可为下一步大黄鱼耐高温分子机制解析及耐高温品种的选育提供参考。
|
| 关 键 词： | 大黄鱼 高温胁迫 简化基因组测序 单核苷酸多态性 全基因组关联分析 |
| 收稿时间： | 2016-06-22 |
GENOME-WIDE ASSOCIATION STUDY OF THERMAL TOLERANCE IN LARGE YELLOW CROAKER LARIMICHTHYS CROCEA BASED ON SLAF-SEQ TECHNOLOGY |
| |
| CHEN Xiao-Ming,LI Jia-Kai,WANG Zhi-Yong,CAI Ming-Yi,HAN Fang,LIU Xian-De.GENOME-WIDE ASSOCIATION STUDY OF THERMAL TOLERANCE IN LARGE YELLOW CROAKER LARIMICHTHYS CROCEA BASED ON SLAF-SEQ TECHNOLOGY[J].Acta Hydrobiologica Sinica,2017,41(4):735-740. |
| |
| Authors: | CHEN Xiao-Ming LI Jia-Kai WANG Zhi-Yong CAI Ming-Yi HAN Fang LIU Xian-De |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Larimichthys crocea High temperature SLAF-seq SNP marker GWAS |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《水生生物学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《水生生物学报》下载免费的PDF全文 |
|
