| 不同温度条件下鲁氏耶尔森氏菌的链特异性转录组分析 |
| |
| 引用本文： | 刘韬,魏文燕,刘家星,杨马,谢恒,何晟毓,杨倩,汪开毓.不同温度条件下鲁氏耶尔森氏菌的链特异性转录组分析[J].水生生物学报,2019,43(5):969-976. |
| |
| 作者姓名： | 刘韬 魏文燕 刘家星 杨马 谢恒 何晟毓 杨倩 汪开毓 |
| |
| 作者单位： | 四川农业大学鱼病研究中心;四川农业大学动物疫病与人类健康四川省重点实验室;成都市农林科学院 |
| |
| 摘 要： | 为鉴定鱼源鲁氏耶尔森氏菌(Yersinia ruckeri) SC09菌株水生环境中不同温度的转录组水平上的差异, 研究采用链特异性转录组测序(Strand-specific RNA-seq)技术对菌体生理温度(28℃)和实验培养温度(37℃)下进行链特异性测序, 原始数据质控后, 筛选得到差异表达基因, 通过KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库对差异表达基因进行富集分析, 并利用Rockhopper软件筛选出的重要原核生物基因簇进行验证。结果显示, 共筛选获得173个显著差异表达基因(P<0.05), 其中包括58个上调基因, 主要富集到一些特殊的碳水化合物代谢相关的通路中; 以及115个下调基因, 主要富集到双组份信号系统中与三羧酸循环相关的代谢通路上, 同时部分基因富集到编码鞭毛素相关的基因簇中。结果表明, 相对于37℃的实验室培养温度, 在水生环境的生理温度条件下(28℃) SC09菌株拥有较高的运动性和较强的葡萄糖代谢, 但相对的SC09菌株代谢一些特殊糖类的能力减弱。
|
| 关 键 词： | 鲁氏耶尔森氏菌 转录组测序 差异分析 KEGG 鞭毛基因簇 |
| 收稿时间： | 2018-07-12 |
CHAIN SPECIFICITY TRANSCRIPTOME ANALYSIS IN DIFFERENT TEMPERATURES CONDITIONED OF YERSINIA RUCKERI |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《水生生物学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《水生生物学报》下载免费的PDF全文 |
|
