尼罗罗非鱼β2m基因SNP位点和单倍型与无乳链球菌抗性的关联分析 |
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引用本文: | 张栋,高风英,卢迈新,曹建萌,刘志刚,可小丽,王淼.尼罗罗非鱼β2m基因SNP位点和单倍型与无乳链球菌抗性的关联分析[J].水生生物学报,2018,42(5):903-912. |
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作者姓名: | 张栋 高风英 卢迈新 曹建萌 刘志刚 可小丽 王淼 |
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作者单位: | 中国水产科学研究院珠江水产研究所农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室;上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心 |
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摘 要: | β2-微球蛋白(β2-microglobulin, β2m)作为MHCⅠ类分子的亚基, 在鱼类的免疫系统中发挥重要作用。实验采用直接测序法从P0代尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的β2m基因组序列中筛选到30个SNPs, 其中1个SNP位于5?UTR, 16个SNPs位于外显子区域(15个非同义突变位点, 1个同义突变位点), 9个SNPs位于内含子区域, 4个SNPs位于3?UTR。利用snapshot分型法对F1代的102尾易感群体和102尾抗病群体进行基因分型, 并通过Popgen32和PIC-CALC软件统计分析尼罗罗非鱼β2m基因序列的SNPs的He、Ho、Ne和PIC等遗传参数, 表明易感群体中7个SNPs属于中度多态水平(0.251代2个群体中的基因型频率和等位基因频率, 分析其与链球菌抗性或易感性状之间的相关性。结果表明: 24个SNPs的基因型和等位基因频率与无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)抗性/易感性状显著相关(P<0.05)。通过连锁不平衡分析发现30个SNPs构成4个单倍块和14种单倍型。其中, 4个单倍型与无乳链球菌抗性性状显著相关(P<0.05), 4个单倍型与易感性状显著相关(P<0.05)。标签SNP分析发现, 单倍块2中的4个SNPs和单倍块3中的13个SNPs彼此之间高度连锁(r2>0.9), 这意味着我们在β2m基因中发现2个htSNPs。研究筛选到的与链球菌抗性/易感性状相关的SNP位点及单倍型具有辅助尼罗罗非鱼抗链球菌病品种选育的潜力。
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关 键 词: | 尼罗罗非鱼 β2m SNPs 无乳链球菌 连锁不平衡 单倍型 标签SNPs |
收稿时间: | 2017-07-21 |
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