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油菜沪油15中AP2/ERF-B3亚族转录因子的克隆和生物信息学分析
引用本文:庄静,周熙荣,孙超才,管帮超,彭日荷,乔玉山,章镇,熊爱生,姚泉洪. 油菜沪油15中AP2/ERF-B3亚族转录因子的克隆和生物信息学分析[J]. 分子细胞生物学报, 2008, 41(3): 192-206
作者姓名:庄静  周熙荣  孙超才  管帮超  彭日荷  乔玉山  章镇  熊爱生  姚泉洪
作者单位:[1]南京农业大学园艺学院,南京210095 [2]上海市农业科学院生物技术研究所,上海201106 [3]上海市农业科学院作物育种栽培研究所,上海201106 [4]上海市崇明县农业技术推广中心,上海202150
基金项目:国家高技术研究发展计划(863计划) , 上海市科技启明星和优秀学科带头人计划
摘    要:AP2/ERF转录因子家族广泛存在于植物中,参与植物细胞周期、生长发育以及生物和非晌镄财认喙鼗虮泶锏骺?本文利用油菜UniGene数据库.以拟南芥AP2/ERF-B3亚族转录因子保守序列为信息探针,分离得到2个油菜AP2/ERF-B3亚族的转录因子BnaERFB3-1和BnaERFB3-2.通过PCR和RT-PCR方法分别从双低甘蓝型油菜沪油15的DNA和cDNA中克隆了上述基因.序列分析显示.克隆的BnaERFB3-1-Hv15和BnaERFB3-2-Hv15转录因子与电子克隆的基因序列差异很小,均只有1个氨基酸位点不同.且都没有内舍子.从氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构、无序化特性等方面进行了预测和较为全面的分析.结果显示BnaERFB3-1-Hv15和BnaERFB3-2-Hv15是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与AtERF5相似,BnaERFB3-1-Hv15和BnaERFB3-2-Hv15蛋白无序化程度大于拟南芥AtERF5.通过分析EST丰度显示,BnaERFB3-1的表达集中在种子中,而BnaERFB3-2的表达则集中在根中.另外.将上述基因分别构建入酵母表达载体和植物双元表达载体,为深入研究该基因在油菜抗逆调控中的作用奠定了基础.

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CLONING AND BIOINFORMATIC ANALYZING OFTRANSCRIPTION FACTOR AP2/ERF-B3 SUBFAMILY GENESFROM BRASSICA NAPUS L. HUYOU 15
ZHUANG Jing,ZHOU Xi Rong,SUN Chao Cai,GUAN Bang Chao,PENG Ri He,QIAO Yu Shan,ZHANG Zhen,XIONG Ai Sheng,YAO Quan Hong. CLONING AND BIOINFORMATIC ANALYZING OFTRANSCRIPTION FACTOR AP2/ERF-B3 SUBFAMILY GENESFROM BRASSICA NAPUS L. HUYOU 15[J]. Journal of Molecular Cell Biology, 2008, 41(3): 192-206
Authors:ZHUANG Jing  ZHOU Xi Rong  SUN Chao Cai  GUAN Bang Chao  PENG Ri He  QIAO Yu Shan  ZHANG Zhen  XIONG Ai Sheng  YAO Quan Hong
Affiliation:College of Horticulture, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China.
Abstract:
Keywords:
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