| 蛋白质序列的一种新的三维图形表示及其应用 |
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| 引用本文： | 李丹丹,王俊,李春.蛋白质序列的一种新的三维图形表示及其应用[J].生物信息学,2009,7(1):60-63. |
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| 作者姓名： | 李丹丹 王俊 李春 |
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| 作者单位： | 渤海大学数学系,辽宁,锦州,121013 |
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| 基金项目： | 辽宁省教育厅科学研究计划，渤海大学博士基金 |
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| 摘 要： | 基于氨基酸的五字母模型，给出蛋白质序列的一种新的三维图形表示，然后构造一个12维向量来刻画蛋白质序列，这个向量的分量是与12个图形相对应的D／D矩阵的正规化的ALE-指标。最后基于s结构蛋白对冠状病毒进行系统发生分析来阐明该方法的有用性。
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| 关 键 词： | 蛋白质序列 图形表示 ALE-指标 冠状病毒 系统发生 |
New 3-D graphical representation of protein sequences and its application |
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| LI Dan-dan,WANG Jun,LI Chun.New 3-D graphical representation of protein sequences and its application[J].China Journal of Bioinformation,2009,7(1):60-63. |
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| Authors: | LI Dan-dan WANG Jun LI Chun |
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| Institution: | (Department of Mathematics, Bohai University, Jinzhou, Liaoning 121013, China) |
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| Abstract: | In this paper, we propose a new 3 - D graphical representation of protein sequences based on a five - letter model of amino acids, and construct a 12 - component vector to characterize the protein sequence whose components are the normalized ALE - indexes of D/D matrices associated with twelve 3 - D curves. The utility of the approach is illustrated by the phylogenetic analyse among based on their spike proteins. |
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| Keywords: | Protein sequence Graphical representation ALE - index Coronavims Phylogeny |
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