| 土地类芽胞杆菌(Paenibacillus terrae)NK3-4 EsxA结构与系统发育分析 |
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| 引用本文： | 于文清,闫凤超,刘文志,郑桂萍,肖俊杰.土地类芽胞杆菌(Paenibacillus terrae)NK3-4 EsxA结构与系统发育分析[J].生物信息学,2021,19(4):270-275. |
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| 作者姓名： | 于文清 闫凤超 刘文志 郑桂萍 肖俊杰 |
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| 作者单位： | 上饶师范学院 生命科学院,江西 上饶334001;黑龙江省农垦科学院,哈尔滨 150036;黑龙江八一农垦大学,黑龙江 大庆 163319 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(No.32060633); 黑龙江省自然科学基金项目(No.LH2019C079). |
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| 摘 要： | 前期研究在植物根际促生菌土地类芽胞杆菌(Paenibacillus terrae )NK3-4中发现一个EsxA编码基因,为明确该基因编码的蛋白的性质、结构及系统发生关系,对该基因进行了生物信息学分析。分析表明,该EsxA含有91个氨基酸,分子质量10 276.53 Da,理论pI 5.29,分子式为C445H711N125O146S4,弱酸性,亲水,具有WEG保守基序,属于WXG超级家族成员；建模预测表明,自然状态下EsxA 形成不对称的同源二聚体,其中每个亚基都由一个β折叠连接两个α螺旋组成,两个α螺旋反向平行排列；二聚体中两个亚基的肽链呈反向排列,所有N末端和C末端均暴露在外,形成棒状表面形态,其中一个亚基的N端的不规则卷曲形成与棒状二聚体垂直的短柱形凸起；系统发育分析显示,EsxA在种内及种间进化关系虽是不保守的,但类芽胞杆菌源的EsxA与病原细菌的EsxA同源性较低,暗示类芽胞杆菌源EsxA可能与病原微生物的EsxA具有截然不同的功能。结果为包括NK3-4菌株在内的类芽胞杆菌属EsxA外源分泌表达条件,活性保持及功能的深入研究提供了理论依据。
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| 关 键 词： | 土地类芽胞杆菌 EsxA 生物信息学分析 蛋白3D结构 系统发育 |
| 收稿时间： | 2020/6/30 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2020/11/18 0:00:00 |
Structure and phylogeny analysis of Paenibacillus terrae NK3-4 EsxA |
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| YU Wenqing,YAN Fengchao,LIU Wenzhi,ZHENG Guiping,XIAO Junjie.Structure and phylogeny analysis of Paenibacillus terrae NK3-4 EsxA[J].China Journal of Bioinformation,2021,19(4):270-275. |
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| Authors: | YU Wenqing YAN Fengchao LIU Wenzhi ZHENG Guiping XIAO Junjie |
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| Institution: | College of Life Science, Shangrao Normal University, Shangrao 334001, Jiangxi, China;Heilongjiang Academy of Agricultural Reclamation Sciences, Harbin 150036, China ;Heilongjiang Bayi Agricultural University, Daqing 163319, Heilongjiang, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Paenibacillus terrae EsxA Bioinformatics analysis 3D structure of protein Phylogeny |
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