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| 大肠杆菌E.coli K-12转录因子结合位点的理论预测 | |
| 引用本文： | 杨科利,李前忠,林昊.大肠杆菌E.coli K-12转录因子结合位点的理论预测[J].生物信息学,2007,5(3):117-120. |
| 作者姓名： | 杨科利 李前忠 林昊 |
| 作者单位： | 内蒙古大学理工学院物理系,内蒙古呼和浩特,010021 |
| 摘 要： | 基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA)。利用self-consistency和cross-validation两种检验方法对此算法进行检验,self-consistency检验总的预测成功率达到87.59%,cross-validation检验成功率达到85.48%。对基因间序列进行搜索,获得了多个可能的转录因子结合位点。 |
| 关 键 词： | 转录因子结合位点(TFBS) 位置权重矩阵(PWM) 碱基保守性 |
| 文章编号： | 1672-5565（2007）-03-117-04 |
| 修稿时间： | 2006-07-10 |
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