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| 基于同源搜索的甜菜miRNAs计算识别 | |
| 引用本文： | 徐德昌,李勇,程大友,代翠红,朱延明.基于同源搜索的甜菜miRNAs计算识别[J].生物信息学,2008,6(4):152-155. |
| 作者姓名： | 徐德昌 李勇 程大友 代翠红 朱延明 |
| 作者单位： | 1. 东北农业大学生命科学学院,哈尔滨,150030;轻工业甜菜糖业研究所,哈尔滨,150086;哈尔滨工业大学食品科学与工程学院,哈尔滨,150090 2. 东北农业大学生命科学学院,哈尔滨,150030 3. 轻工业甜菜糖业研究所,哈尔滨,150086;哈尔滨工业大学食品科学与工程学院,哈尔滨,150090 4. 哈尔滨工业大学食品科学与工程学院,哈尔滨,150090 |
| 基金项目： | 科技部专项基金，国家自然科学基金，国家高技术研究发展计划(863计划)，黑龙江省科技攻关项目，黑龙江省自然科学基金，哈尔滨工业大学校科研和教改项目 |
| 摘 要： | microRNAs（miRNAs）是一类调控真核基因转录后表达的非编码小分子RNA，在调节生物功能方面起着重要的作用，采用基于同源搜索的计算方法预测未知miRNAs是当前发现和鉴定miRNAs的有效策略之一，甜菜是一种重要的制糖工业原料，其miRNAs的识别尚未见报道，本文根据公共数据库中的甜菜EST和GSS信息，采用Blastn同源搜索技术，预测了甜菜（Beta vulgaris）中的候选miRNAs。通过分析候选miRNAs的序列特征，包括碱基错配、二级结构、（A＋U）含量、能量水平等，从中获得了54个miPRNAs，其中，3个miRNAs与miRBase中已知的其他物种高度相似的序列，其余可能为新miRNAs。 |
| 关 键 词： | miRNAs 生物信息学预测 甜菜 |
Computational Identification for Beet (Beta vulgaris) miRNAs Based on Homologous Searching |
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| XU De-chang,LI Yong,CHENG Da-you,DAI Cui-hong,ZHU Yan-ming.Computational Identification for Beet (Beta vulgaris) miRNAs Based on Homologous Searching[J].China Journal of Bioinformation,2008,6(4):152-155. | |
| Authors: | XU De-chang LI Yong CHENG Da-you DAI Cui-hong ZHU Yan-ming |
| Institution: | XU De - chang, LI Yong , CHENG Da - you, DAI Cui - hong, ZHU Yan- ming ( 1. School of Life Science, Northeast Agriculture University, Harbin 150030, China ; 2. Beet ＆ Sugar Institute, light Industry, Harbin 150086 ; 3. School of Food Science ＆ Engineering , Harbin Institute of Technology, Harbin 150090, China) |
| Abstract: | |
| Keywords: | miRNAs |
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