| 类群特异性PCR引物设计与评估 |
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| 引用本文： | 董 声,俞志明,宋秀贤,韩笑天,曹西华.类群特异性PCR引物设计与评估[J].生物信息学,2013,11(2):79-85. |
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| 作者姓名： | 董 声 俞志明 宋秀贤 韩笑天 曹西华 |
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| 作者单位： | 1. 中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室,山东青岛266071;中国科学院大学,北京100049
2. 中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室,山东青岛,266071 |
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| 基金项目： | 资助项目:国家基金委创新研究群体(项目编号：41121064)国家973项目(项目编号：2010CB428706)国家自然科学基金(项目编号：41276115) |
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| 摘 要： | 本文以真核藻类18SrDNA类群特异性PCR引物的设计与评估为例,详细介绍了如何利用Primrose等一系列程序设计类群特异性PCR引物并评估其敏感性与特异性,并对这一方法的优势与应用类群特异性PCR引物进行群落多样性分析需要注意的问题进行了讨论。
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| 关 键 词： | 类群特异性PCR引物 真核藻类 Primrose 18S rDNA通用引物 |
| 收稿时间： | 2012/12/12 0:00:00 |
| 修稿时间： | 3/8/2013 12:00:00 AM |
Design and evaluation of group-targeted PCR primers |
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| DONG Sheng,YU Zhi-ming,SONG Xiu-xian,HAN Xiao-tian and CAO Xi-hua.Design and evaluation of group-targeted PCR primers[J].China Journal of Bioinformation,2013,11(2):79-85. |
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| Authors: | DONG Sheng YU Zhi-ming SONG Xiu-xian HAN Xiao-tian and CAO Xi-hua |
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| Institution: | 1. Key Laboratory of Marine Ecology and Environmental Sciences, Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences Qingdao 266071, China ;2. University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) |
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| Abstract: | We take the design and evaluation of eukaryotie algae-targeted 18S rDNA PCR primers as an example, to give a step-by-step illustration of how to design and assess group-targeted PCR primers using Primrose and other programs. Then we summarize the advantages of the design ＆ evaluation pipeline by comparing the amplification ef- ficiency of newly designed and previously reported 18S rDNA universal primers. Cautions are also emphasized on u- sing PCR-based strategies to assess community diversity. |
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| Keywords: | Group-targeted Primers Eukaryotic Algae Primrose 18S rDNA Universal Primers |
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