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Endophilin B1 基因及蛋白的生物信息学分析
引用本文:王铸何霞冯发深关琳琳徐霖张定梅汪杨罗燕芬曹开源.Endophilin B1 基因及蛋白的生物信息学分析[J].现代生物医学进展,2012,12(12):2212-2219.
作者姓名:王铸何霞冯发深关琳琳徐霖张定梅汪杨罗燕芬曹开源
作者单位:中山大学临床检验标准化研究中心 广东广州510080
基金项目:国家自然科学基金资助项目(81071760)
摘    要:目的:利用生物信息学方法分析人Endophilin B1基因以及蛋白的结构,为进一步研究其功能和参与的调控机制提供一定的理论依据。方法:通过GenBank搜索Endophilin B1基因及蛋白序列,采用生物信息学方法分析该基因在不同物种中的差异,分析该蛋白的亚细胞定位,二级结构,功能域以及抗原表位。结果:该基因编码一个长度为365个氨基酸的蛋白,具有两个BAR和SH3两个功能域。Endophilin B1蛋白理论分子量为40796.3,理论等电点为5.78。二级结构中α螺旋(H)占56.44%,β折叠(E)占5.48%,无规卷曲占38.08%。Endophilin B1蛋白含有4个可能的N连接糖基化位点,5个潜在的酪蛋白激酶II磷酸化位点,7个豆蔻酰基化位点,3个PKC磷酸化位点以及2个酪氨酸激酶磷酸化位点。并进一步利用DNAstar软件分析了了该蛋白的抗原表位。结论:利用生物信息学预测出的结构和功能信息,能为Endophin B1蛋白的相关研究提供一定的信息基础。

关 键 词:Bif-1/Endophilin  B1  BAR  domain  SH3  domain  生物信息学

Bioinformatics Analysis of Endophilin B1 Gene and Protein
WANG Zhu,HE Xi,FENG Fa-shen,GUAN Lin-lin,XU Lin,ZHANG Ding-mei,WANG Yang,LUO Yan-fen,CAO Kai-yuan.Bioinformatics Analysis of Endophilin B1 Gene and Protein[J].Progress in Modern Biomedicine,2012,12(12):2212-2219.
Authors:WANG Zhu  HE Xi  FENG Fa-shen  GUAN Lin-lin  XU Lin  ZHANG Ding-mei  WANG Yang  LUO Yan-fen  CAO Kai-yuan
Institution:△(Research Center for Clinical Laboratory Standard,Sun Yat-sen University,Guangzhou 510080,China)
Abstract:Objective: To investigate the function and regulatory mechanisms of human Endophilin B1 gene and protein in human disease.Methods: Search Endophilin B1 gene and protein sequences from GenBank.The differences in different species,subcelluar location,secondary struture,functional domains and epitopes were analyzed by using Bioinformatics tools.Results: The gene encodes a length of 365 amina acid protein with two functional domains,BAR and SH3 domain.Its molecular weight is 40796.3,theoretical isoelectric point is 5.78.-helix secondary structure(H) accounted for 56.44%,β fold(E) accounted for 5.48%,random coil accounting for 38.08%.Endophilin B1 protein contains four potential N-linked glycosylation sites,five potential casein kinase II phosphorylation sites,seven cardamom acylation sites,three PKC phosphorylation sites and two tyrosine kinase phosphorylation sites.And a further analyzed of its protein epitopes by DNAstar software was completed.Conclusion: More biological information about Endophilin B1 gene and protein was analyzed,which provide some basic information for further research.
Keywords:Bif-1/Endophilin B1  BAR domain  SH3 domain  Bioinformatics
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