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基于功能基因组数据整合方法研究前列腺癌风险基因
引用本文:马晔,田进伟,孙红梅,徐良德. 基于功能基因组数据整合方法研究前列腺癌风险基因[J]. 现代生物医学进展, 2012, 12(31): 6155-6158
作者姓名:马晔  田进伟  孙红梅  徐良德
作者单位:哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院
基金项目:黑龙江省教育厅科学技术研究项目“糖代谢紊乱与糖尿病及其并发症的分子系统研究”(12511273)
摘    要:目的:利用生物信息学方法,将高通量基因表达数据与单核酸多肽(SNP)基因型数据进行整合分析,研究并注释前列腺癌风险基因。方法:本文基于EST、SAGE、基因芯片三类功能基因组数据整合的方法研究前列腺癌风险基因。首先,通过三类数据寻找前列腺癌中异常表达和差异表达基因。利用全基因组关联分析得到前列腺癌相关基因的SNPs。定位所得到的前例腺癌差异表达基因与SNPs到染色体,获取与SNPs在同一区段的差异表达基因,并通过各种数据库注释所得基因。结果:通过数据整合分析,最终得到前列腺癌风险基因84个,其中20多个基因已被证实与前列腺癌极其相关。结论:整合前列腺癌高通量表达数据与SNP基因型数据,能够快速有效的获得前列腺癌显著相关基因。此方法可以推广于其它癌症的研究。

关 键 词:全基因组关联分析  SNP  基因表达  前列腺癌

Research Risk Genes of Prostate Cancer based on Functional Genomics Data Integration Method
MA Ye,TIAN Jin-wei,SUN Hong-mei,XU Liang-de. Research Risk Genes of Prostate Cancer based on Functional Genomics Data Integration Method[J]. Progress in Modern Biomedicine, 2012, 12(31): 6155-6158
Authors:MA Ye  TIAN Jin-wei  SUN Hong-mei  XU Liang-de
Affiliation:(College of bioinformatics science and technology,Harbin Medical University,Heilongjiang Harbin,150086,China)
Abstract:
Keywords:
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