| 利用转录组测序筛选低切应力作用下人脐静脉内皮细胞的差异表达基因 |
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| 引用本文： | 生 欣,生 燕,谢夏丹,王俊华,郜双林.利用转录组测序筛选低切应力作用下人脐静脉内皮细胞的差异表达基因[J].现代生物医学进展,2019,19(7):1233-1240. |
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| 作者姓名： | 生 欣 生 燕 谢夏丹 王俊华 郜双林 |
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| 作者单位： | 遵义医学院基础医学院生物化学教研室;遵义医学院基础医学院形态学实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31360278）；遵义医学院博士启动基金项目（F566） |
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| 摘 要： | 目的:通过转录组测序分析获得不同切应力作用下人脐静脉内皮细胞的基因的表达谱,为进一步探索切应力影响内皮细胞形态和功能的机制提供依据。方法:以人脐静脉内皮细胞为材料,通过Streamer系统建立6通道可调控切应力的流体动力学细胞模型,以层流切应力(15 dynes/cm~2)为对照,以低切应力(0.1 dynes/cm~2)为实验组,分别加载细胞18 h。提取总RNA逆转录合成cDNA,建立文库,以二代测序平台Illumina HiSeq中进行扩增和测序。结果:序列比对结果显示,有19986个基因比对上,新转录本分析显示各组新转录本数约占总转录本数的50%。基因表达差异分析显示,较对照组,低切应力组表达上调基因983个,表达下调基因701个。GO分析显示,有18499个基因得到了归类注释,绝大多数基因富集到生物学过程。KEGG分析显示,富集Top20的信号通路与细胞周期、DNA复制和细胞分裂、细胞应激和凋亡等生物学过程相关。结论:低切应力作用不仅仅激活内皮细胞中细胞的增殖相关基因,同时也涉及到DNA损伤修复和凋亡相关基因。
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| 关 键 词： | 人脐静脉内皮细胞 切应力 转录组测序 GO分析 KEGG分析 |
| 收稿时间： | 2018/8/8 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2018/8/31 0:00:00 |
Screening of Differentially Expressed Genes in hUVECs under Low Shear Stress by RNA-Seq |
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| SHENG Xin,SHENG Yan,XIE Xia-dan,WANG Jun-hua and GAO Shuang-lin.Screening of Differentially Expressed Genes in hUVECs under Low Shear Stress by RNA-Seq[J].Progress in Modern Biomedicine,2019,19(7):1233-1240. |
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| Authors: | SHENG Xin SHENG Yan XIE Xia-dan WANG Jun-hua and GAO Shuang-lin |
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| Institution: | Department of Biochemistry, Zunyi Medical University, Zunyi, Guizhou, 563000, China,Laboratory of Basic Medical Morphology, Zunyi Medical University, Zunyi, Guizhou, 563000, China,Department of Biochemistry, Zunyi Medical University, Zunyi, Guizhou, 563000, China,Department of Biochemistry, Zunyi Medical University, Zunyi, Guizhou, 563000, China and Department of Biochemistry, Zunyi Medical University, Zunyi, Guizhou, 563000, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Human umbilical vein endothelial cells Fluid shear stress RNA-Sequencing GO analysis KEGG analysis |
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