| 肾透明细胞癌预后相关miRNAs的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 付军明,肖招兰,何富强,郭君其,谭建明,朱凌峰. 肾透明细胞癌预后相关miRNAs的生物信息学分析[J]. 中华细胞与干细胞杂志(电子版), 2018, 8(3): 146-151. DOI: 10.3877/cma.j.issn.2095-1221.2018.03.004 |
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| 作者姓名： | 付军明 肖招兰 何富强 郭君其 谭建明 朱凌峰 |
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| 作者单位： | 1. 350025 福州，福州总医院泌尿外科 |
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| 基金项目： | 福建省自然科学基金项目(2016J0105) |
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| 摘 要： | ![]()
目的寻找可作为肾透明细胞癌（ccRCC）生物标志物的miRNA，以及ccRCC与正常组织间miRNA差异表达情况。 方法利用TCGA数据库下载ccRCC中miRNA表达数据，分析肿瘤与正常组织间差异表达miRNA。使用Kaplan-Meier曲线对患者进行生存分析，筛选出表达情况与临床预后相关的miRNA。通过生物信息学对miRNA的靶基因进行预测，然后运用FunRich软件和ClueGO对靶基因进行GO和KEGG富集分析。 结果通过TCGA数据库分析发现，ccRCC较正常组织差异表达miRNA共54个，其中上调33个，下调21个。通过生存分析发现hsa-miR-21和hsa-miR-155与患者预后相关，P≤0.05。进一步通过Perl软件在Targetscan、miRDB、miRTarBase、miRPath这四个数据库中预测miRNA靶基因并将结果取交集，共发现129个靶基因。GO和KEGG分析结果表明，这些靶基因主要与转录因子活性、信号转导以及FoxO、TNF等信号通路密切相关。 结论通过生物信息学分析发现了ccRCC与正常组织的差异表达miRNA；其中hsa-miR-21和hsa-miR-155与患者总体生存率相关，并通过调控靶基因参与相关的信号通路进而影响ccRCC的发生发展进程，提示hsa-miR-21和hsa-miR-155可能是ccRCC潜在的生物标志物。
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| 关 键 词： | 肾透明细胞癌 差异表达miRNA 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2017-11-10 |
Bioinformatics analysis of prognosis-related miRNAs in clear cell renal cell carcinoma |
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| Junming Fu,Zhaolan Xiao,Fuqiang He,Junqi Guo,Jianming Tan,Lingfeng Zhu. Bioinformatics analysis of prognosis-related miRNAs in clear cell renal cell carcinoma[J]. , 2018, 8(3): 146-151. DOI: 10.3877/cma.j.issn.2095-1221.2018.03.004 |
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| Authors: | Junming Fu Zhaolan Xiao Fuqiang He Junqi Guo Jianming Tan Lingfeng Zhu |
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| Affiliation: | 1. Department of Urology, Fuzhou General Hospital, Fuzhou 350025, China |
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| Abstract: | ![]()
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| Keywords: | Clear cell renal cell carcinoma Differentially expressed miRNAs Bioinformatics analysis |
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