| 病毒-宿主密码子使用的若干统计特征及其协同进化 |
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| 引用本文： | 袁哲明,王智,吉洪湖,欧阳芳,张平,张永生. 病毒-宿主密码子使用的若干统计特征及其协同进化[J]. 生物信息学, 2005, 3(4): 151-154,170 |
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| 作者姓名： | 袁哲明 王智 吉洪湖 欧阳芳 张平 张永生 |
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| 作者单位： | 1. 湖南农业大学生物安全科技学院,湖南,长沙,410128
2. 湖南文理学院生命科学系,湖南,常德,415000 |
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| 基金项目： | 国家自然科学青年基金资助项目(30100122) |
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| 摘 要： | 基于归1000密码子使用频次,从垂直和水平两个方向研究了不同进化阶层宿主-病毒密码子使用的若干统计特征及其协同进化规律。结果表明,病毒密码子和氨基酸多样性总体上高于相应宿主;细菌-噬菌体、真菌-真菌病毒、无脊椎动物-无脊椎动物病毒的密码子使用频次匹配较好,细菌-噬菌体、无脊椎动物-无脊椎动物病毒的氨基酸丰度匹配较好;病毒基因AU含量、AU3s含量总体上高于相应宿主;病毒和宿主密码子第一位碱基含量均GA>CU;密码子第二位碱基含量均A>U>C>G;病毒与宿主编码区碱基的相对分子量和相对π电子共振能总体上存在较明显的跟随现象。病毒和宿主基因在密码子使用频次等多个统计特征方面既呈现协同进化趋势,又有较明显的分化。
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| 关 键 词： | 病毒 宿主 密码子使用 协同进化 |
| 文章编号： | 1672-5565（2005）-04-151-05 |
| 收稿时间： | 2005-01-21 |
| 修稿时间： | 2005-05-16 |
Several statistics characteristics of codons used by virus and its host and their coevolution |
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| YUAN Zhe-Ming,WANG Zhi,JI Hong-Hu,OU YANG Fang,ZHANG Ping,ZHANG Yong-Sheng. Several statistics characteristics of codons used by virus and its host and their coevolution[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2005, 3(4): 151-154,170 |
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| Authors: | YUAN Zhe-Ming WANG Zhi JI Hong-Hu OU YANG Fang ZHANG Ping ZHANG Yong-Sheng |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | virus host codon usage coevolution |
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