| 山地虎耳草转录组SSR信息分析 |
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| 引用本文： | 李彦,更吉卓玛,贾留坤,王智华,陈世龙,高庆波. 山地虎耳草转录组SSR信息分析[J]. 植物研究, 2018, 38(6): 939-947. DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2018.06.018 |
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| 作者姓名： | 李彦 更吉卓玛 贾留坤 王智华 陈世龙 高庆波 |
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| 作者单位： | 1. 中国科学院高山植物适应与进化重点实验室, 中国科学院西北高原生物研究所, 西宁 810001;2. 中国科学院大学, 北京 100039;3. 青海省作物分子育种重点实验室, 中国科学院西北高原生物研究所, 西宁 810001 |
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| 基金项目： | 中国科学院“西部之光”人才培养引进计划；中国科学院青年创新促进会项目（2016378） |
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| 摘 要： | ![]()
利用MISA（MicroSatellite）软件对山地虎耳草转录组拼接序列进行微卫星位点信息分析，为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测提供候选序列。结果发现，在拼接得到的63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR，发生频率为7.25%，有110种重复基元，平均每10.00 kB出现一个SSR位点。山地虎耳草转录组序列的SSR主要集中在三核苷酸重复（55.50%），其次为二核苷酸重复（30.23%）。二核苷酸重复和三核苷酸重复中的优势重复基元分别为AG/TC和AAG/TTC。二核苷酸重复基元的重复次数类型最多，跨度最大，具有更高的多态性，三核苷酸次之，而四、五、六核苷酸重复类型很少。山地虎耳草转录组SSR以5~9次重复为主，且SSR数量随着重复次数的增加逐渐减少，基序长度主要集中于12~30 bp，多态性均在中等以上。
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| 关 键 词： | 山地虎耳草 转录组 SSR信息分析 |
| 收稿时间： | 2018-05-04 |
Analysis of SSR Information in Transcriptome Sequences of Saxifraga sinomontana |
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| LI Yan,GENGJI Zhuo-Ma,JIA Liu-Kun,WANG Zhi-Hua,CHEN Shi-Long,GAO Qing-Bo. Analysis of SSR Information in Transcriptome Sequences of Saxifraga sinomontana[J]. Bulletin of Botanical Research, 2018, 38(6): 939-947. DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2018.06.018 |
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| Authors: | LI Yan GENGJI Zhuo-Ma JIA Liu-Kun WANG Zhi-Hua CHEN Shi-Long GAO Qing-Bo |
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| Affiliation: | 1. Key Laboratory of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Institute of Plateau Biology, Chinese Academy of Sciences, Xining 810001;2. University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100039;3. Key Laboratory of Crop Molecular Breeding of Qinghai Province, Northwest Institute of Plateau Biology, Chinese Academy of Sciences, Xining 810001 |
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| Abstract: | ![]()
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| Keywords: | |
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