| 人类全基因组范围的CpG岛的预测与分析 |
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| 引用本文： | 庄海滨,朱景德,刘湘军.人类全基因组范围的CpG岛的预测与分析[J].生物物理学报,2006,22(5):351-359. |
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| 作者姓名： | 庄海滨 朱景德 刘湘军 |
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| 作者单位： | 1. 清华大学医学院,生物信息学教育部重点实验室,清华大学生物科学与技术系,北京,100084
2. 上海交通大学肿瘤研究所,癌基因及相关基因国家重点实验室,上海,200032 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(90412018,30570850)，973基础研究项目(2004CB518804)，教育部科学技术研究重大项目(03180,104232)，教育部“跨世纪人才培养计划”基金项目，上海市自然科学基金项目(04DZ14006,05DZ19318)~~ |
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| 摘 要： | CpG岛的甲基化是表观遗传中基因表达调控的重要机制。虽然目前已存在几个从DNA序列判别CpG岛的标准,但如何在标准中选择合适的参数仍是研究的焦点。文章通过分析比较两种经典CpG岛判定标准与三种预测方法,提出了改进的CpG岛预测方法——CpGISeeker。应用该预测方法,结合判定标准中的三个基本参数组合出的13组组合参数,在人类全基因组范围内进行了CpG岛预测,并统计分析了CpG岛的重复序列组成以及相对于基因转录起始位点的位置分布情况。分析结果表明CpGISeeker具有更精确判定CpG岛的特性;同时还提示,随着判定标准严格性的增加,CpG岛的重复序列含量降低,与基因转录起始位点的相关性提高。将CpG岛最小尺寸为500bp、GC含量为60%、CpG出现率达到0.65的组合参数作为标准,是目前预测CpG岛的最佳方式。
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| 关 键 词： | CpG岛 甲基化 表观遗传学 |
| 收稿时间： | 2006-05-16 |
| 修稿时间： | 2006-05-16 |
Prediction and Analysis of CpG Islands in the Human Genome |
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| ZHUANG Hai-bin,ZHU Jing-de,LIU Xiang-jun.Prediction and Analysis of CpG Islands in the Human Genome[J].Acta Biophysica Sinica,2006,22(5):351-359. |
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| Authors: | ZHUANG Hai-bin ZHU Jing-de LIU Xiang-jun |
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| Institution: | 1. Department of Biological Science and Biotcchnology, School of Medicine and Ministry of Education Key Laboratory of Bioinformatics, Tsinghua University, Beijing 100084, China; 2. Cancer Epigenetics and Gene Therapy, The State-key Laboratory for oncogenes and Related Gene Shanghai Cancer Institute, Shanghai Jiootong University, Shanghai 200032, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | CpG island Methylation Epigenetics |
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