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| 一种基于关键路径法的DNA计算用寡核苷酸序列设计算法 | |
| 引用本文： | 吕鸣,张晓东,潘家奎,张治洲,胡钧.一种基于关键路径法的DNA计算用寡核苷酸序列设计算法[J].生物信息学,2007,5(2):62-66. |
| 作者姓名： | 吕鸣 张晓东 潘家奎 张治洲 胡钧 |
| 作者单位： | 1. 上海交通大学Bio-X中心DNA计算交叉团队、生命科学技术学院,上海,200240 2. 天津科技大学,天津,300222 3. 上海交通大学Bio-X中心DNA计算交叉团队、生命科学技术学院,上海,200240;中国科学院上海应用物理研究所,上海,201800 |
| 基金项目： | 上海市科委资助项目;国家自然科学基金 |
| 摘 要： | 在原有的生物大分子序列比对算法的基础上,结合图论中的关健路径法,提出了一种新的计算两寡核苷酸序列间最大配对程度的算法。采用此算法结合生成并测试的方法,能够寻找给定长度的一组适用于DNA计算的寡核苷酸序列。同时采用DNA芯片杂交方法验证了用该算法设计的一组序列的杂交特异性。 |
| 关 键 词： | DNA计算 序列设计 序列比对 关键路径法 |
| 文章编号： | 1672-5565（2007）-02-62-05 |
| 修稿时间： | 2006-05-122006-09-22 |
A sequences designing algorithm for DNA computation based on critical path method |
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| LU Ming,ZHANG Xiao-dong,PAN Jia-kui,ZHANG Zhi-zhou,HU Jun.A sequences designing algorithm for DNA computation based on critical path method[J].China Journal of Bioinformation,2007,5(2):62-66. | |
| Authors: | LU Ming ZHANG Xiao-dong PAN Jia-kui ZHANG Zhi-zhou HU Jun |
| Abstract: | Based on the original biological macro molecule alignment algorithm and combined with critical path method in graph theory,an al- gorithm to calculate the maximal matches between two oligonucleotides was proposed.By using this algorithm and generate-and-test method, a group of oligonucleotides of a given length for DNA computation can be searched.A group of sequences designed by this algorithm were test- ed by hybridization on DNA chips. |
| Keywords: | DNA computation sequences design sequence alignment critical path method |
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