| 皂荚EST-SSR分子标记开发与分析评价 |
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| 引用本文： | 林富荣,邢俊连,孟艳琼,黄平,郑勇奇. 皂荚EST-SSR分子标记开发与分析评价[J]. 植物遗传资源学报, 2017, 18(1): 148-154 |
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| 作者姓名： | 林富荣 邢俊连 孟艳琼 黄平 郑勇奇 |
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| 作者单位： | 中国林业科学院,安徽农业大学,安徽农业大学,中国林业科学院,中国林业科学院 |
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| 基金项目： | 林业公益性行业专项“重要树种种质资源保存与可持续利用关键技术研究”（201204307） |
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| 摘 要： | 本研究旨在开发皂荚EST-SSR分子标记,为今后皂荚种质资源评价与分析提供基础。首先通过对已公布的皂荚转录组数据进行拼接得到41003个Unigenes,总长度70.4 Mb,平均长度1716 bp,N50为2533 bp。进一步在7009个Unigenes中检测到8494个EST-SSR位点,其中1200条Unigenes含有2个及以上的SSR位点,复合型SSRs有369个。针对所有EST-SSR位点设计得到6494条特异性引物,随机挑选60个位点进行试验验证与分析,其中44对引物可扩增出特异性片段,17对具有多态性,PIC值范围为0.195~0.742,均值为0.501,且大部分多态性位点位于UTR区域。通过对皂荚近缘种进行跨种PCR扩增试验,结果显示在开发的44对有效引物中,9个近缘种美国皂荚、日本皂荚、绒毛皂荚、滇皂荚、华南皂荚、小果皂荚、野皂荚、肥皂荚和美国肥皂荚分别有32、31、23、24、7、40、25、18和18对引物可获得有效扩增片段,说明EST-SSR标记在皂荚近缘种之间具有良好的通用性。研究表明利用转录组数据挖掘的EST-SSR位点具有扩增稳定、多态性良好、近缘种间通用等优点,是林木物种开发分子标记的有效途径之一。
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| 关 键 词： | 皂荚；转录组；EST-SSR；多态性；通用性 |
| 收稿时间： | 2016-02-29 |
| 修稿时间： | 2016-07-14 |
Development and Assessment of EST-SSR for Gleditsia sinensis Based on Transcriptome Sequences |
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