| 基于位点保守性参量和位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点 |
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| 引用本文： | 杨科利,李前忠,林昊. 基于位点保守性参量和位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点[J]. 生物技术, 2007, 17(1): 14-17 |
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| 作者姓名： | 杨科利 李前忠 林昊 |
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| 作者单位： | 内蒙古大学理工学院物理系,内蒙古,呼和浩特,010021 |
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| 摘 要： | 目的:改进转录因子结合位点的理论预测方法。方法:构建转录因子结合位点位置权重矩阵,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守性指数Mi为参量,利用位置权重打分函数算法(PWMSA)对酵母五种转录因子结合位点进行预测。结果:利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明5种转录因子结合位点的预测成功率均超过80%。结论:与已有的三种预测转录因子结合位点的软件进行比较,PWMSA算法明显优于其他三种算法,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别提高了0.25和0.22。
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| 关 键 词： | 转录因子结合位点(TFBS) 位置权重矩阵(PWM) 碱基保守性 |
| 文章编号： | 1004-311X（2007）01-0014-04 |
| 收稿时间： | 2006-10-28 |
| 修稿时间： | 2006-11-27 |
Predicting Transcription Factor Binding Sites in Yeast Genome by Using of the Site Conservative Parameters and Position Weight Matrix (PWM) |
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| YANG Ke-li,LI Qian-zhong,LIN Hao. Predicting Transcription Factor Binding Sites in Yeast Genome by Using of the Site Conservative Parameters and Position Weight Matrix (PWM)[J]. Biotechnology, 2007, 17(1): 14-17 |
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| Authors: | YANG Ke-li LI Qian-zhong LIN Hao |
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| Affiliation: | Department of Physics,College of Sciences and Technology,Inner Mongolia University,Hohhot 010021,China |
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