基于Solexa高通量测序的唐古特红景天（Rhodiola algida）微卫星信息分析

利用所获得的Solexa高通量唐古特红景天转录组拼接EST序列进行微卫星位点的挖掘分析;期望为红景天属SSR标记的开发提供生物信息学依据。在得到的6552条EST序列中;三碱基最多;占总EST序列的41.50%;单核苷酸和二核苷酸重复类型的SSR含量相似;分别为27.76%和24.76%;二至六碱基微卫星分布密度与其对应的SSR含量成正比。在单核苷酸重复类型中;T和A重复类型最多;分别为总SSR的14.91%、12.70%;而G和C重复类型则很少;在二核苷酸重复类型中;AG重复类型最多;占总SSR的5.60%;GA和TC重复类型次之;分别为4.75%、4.72%;在三核苷酸重复类型中;GAA重复类型最多;为总SSR的1.85%;GAT次之;为1.79%;TTC、TCT、TCA、GGA、GCT、GAG重复类型间的SSR数相差不大;四、五、六核苷酸重复类型则很少。除五、六核苷酸重复类型外;其长度变化与其对应的重复类型碱基长度成反比;同种重复类型中;微卫星的长度与其对应的SSR数成反比。