| 基于荧光染料Cy5.5标记的引物延伸法鉴定细菌RNA剪切加工位点 |
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| 引用本文： | 王娜,李苹,邱子立,许成钢.基于荧光染料Cy5.5标记的引物延伸法鉴定细菌RNA剪切加工位点[J].微生物学通报,2023,50(6):2666-2676. |
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| 作者姓名： | 王娜 李苹 邱子立 许成钢 |
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| 作者单位： | 山西大学生物技术研究所, 山西 太原 030006 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31871252， 31571282， 32170053)；山西省自然科学基金(201901D211195)；山西省高等学校中青年拔尖创新人才支持计划 |
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| 摘 要： | 【背景】传统引物延伸法常与放射性标记结合使用，但由于放射性元素半衰期短、危害人体健康及严格的操作要求等限制了其在一般实验室的广泛使用。因此，开发新型非放射性引物延伸法成为当前研究的热点。【目的】建立非放射性的引物延伸法，并利用该方法实现对细菌RNA剪切加工位点的鉴定。【方法】将包含RNA剪切位点的序列克隆至双荧光报告系统，然后利用荧光染料Cy5.5标记的特异性靶向mcherry寡核苷酸引物进行延伸，并辅以Northern blotting、RT-qPCR等技术，确定RNA剪切加工的精确位点。【结果】鉴定了来自解纤维梭菌cip-cel mRNA中的2个剪切加工位点均位于颈环结构下游的单链区域，且在剪切位点附近未发现保守序列。【结论】基于Cy5.5标记的引物延伸法能够精确鉴定RNA剪切加工位点，且与传统的放射性引物延伸法相比，该方法具有更高的安全性和更快的检测速度，能够满足一般实验室的实验要求。
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| 关 键 词： | 近红外荧光染料 Cy5.5标记的探针 非放射性 引物延伸法 细菌RNA剪切位点 |
| 收稿时间： | 2022/8/17 0:00:00 |
Fluorescence dye Cy5.5-based primer extension technique determines RNA cleavage sites of bacteria |
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| WANG N,LI Ping,QIU Zili,XU Chenggang.Fluorescence dye Cy5.5-based primer extension technique determines RNA cleavage sites of bacteria[J].Microbiology,2023,50(6):2666-2676. |
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| Authors: | WANG N LI Ping QIU Zili XU Chenggang |
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| Institution: | Institute of Biotechnology, Shanxi University, Taiyuan 030006, Shanxi, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | near-infrared fluorescent dye Cy5 5-labeled probe non-radioactive primer extension RNA cleavage sites of bacteria |
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