基于转录组测序信息的水生植物蕃菜SSR标记开发

利用软件MISA对水生植物蓄菜转录组测序所获得的79536条EST序列进行分析，共检测出12319个EST—SSR位点。在蓄菜的EST—SSR中，二核苷酸和三核苷酸重复单元是主导类型，分别占总SSR的57．31％和30．87％，其中AG／CT、AAG／C1_r分别是二、三重复单元类型的优势重复基元，分别占总SSR的29．76％和8．66％。随机挑选了130对EST-SSR引物对蓄菜两个居群进行遗传多样性检测，结果发现：78对引物能扩增出清晰可分辨的条带，其中37对能成功检测出多态性，引物多态率为47．44％。这些多态性引物共检测出114个等位基因，每个位点2—6个，平均3．08个。观测杂合度（心）及预期杂合度（He）分别在0．229～1．000和0．351-0．756之间，多态信息含量PIC值在0．286～O．698之间，平均达0．495。以上研究结果表明，通过萏菜转录组测序产生的EsT数据来开发SSR标记是一种简单而高效的途径，这些新的SSR分子标记为研究苔菜的居群遗传多样性及其遗传结构提供了工具。