| 番茄B3超家族成员鉴定及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 孙亭亭,王大伟,龚达平,陈乐,陈雅琼,孙玉合. 番茄B3超家族成员鉴定及生物信息学分析[J]. 植物遗传资源学报, 2015, 16(4): 806-814 |
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| 作者姓名： | 孙亭亭 王大伟 龚达平 陈乐 陈雅琼 孙玉合 |
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| 作者单位： | 烟草研究所,中国农业科学院烟草研究所 |
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| 摘 要： | B3超家族是一类含有B3功能域(与DNA结合的高度保守结构域)的转录因子,在植物生长发育过程中起重要作用。本研究采用生物信息学的方法,利用Pfam中的B3保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)蛋白序列,确定了97个B3超家族基因。对番茄B3超家族成员进行了系统进化树分析、染色体定位、结构域分析、组织表达和诱导表达分析等。番茄B3超家族分为LAV、ARF、RAV和REM 4个亚家族,每个亚家族中的数量分别为4、22、9和62个,且在进化树中形成明显不同的分支,每个亚家族都进行了系统进化和结构域分析;番茄12条染色体都含有B3超家族基因;11个成员的表达模式表明,B3超家族同一亚家族成员也具有不同的时空表达模式;在干旱、盐和高温胁迫处理下,部分成员响应强烈并且响应不同的外界信号;而对于ABA处理响应非常弱。本研究将为B3基因超家族成员的生物学功能研究提供参考。
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| 关 键 词： | 番茄；B3基因家族；生物信息学 |
| 收稿时间： | 2014-07-21 |
| 修稿时间： | 2014-09-28 |
Genome-wide identification and bioinformatic analysis of B3 gene family in tomato |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Tomato B3 superfamily bioinformatics |
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