| 高通量测序检测金针菇RNAi转化子插入位点及拷贝数 |
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| 引用本文： | 丑天胜,王威,施乐乐,卢园萍,邓优锦,谢宝贵.高通量测序检测金针菇RNAi转化子插入位点及拷贝数[J].菌物学报,2015,34(4):694-702. |
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| 作者姓名： | 丑天胜 王威 施乐乐 卢园萍 邓优锦 谢宝贵 |
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| 作者单位： | 福建农林大学生命科学学院菌物研究中心 福建 福州 350002 |
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| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划（2014CB138302）;国家自然科学基金（31470107） |
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| 摘 要： | 本研究对金针菇Flammulina velutipes的一个RNAi转化子菌株1382R3进行了高通量测序,以本实验室先前获得的野生型W23基因组数据为参考,分析了该转化子的基因插入位点以及拷贝数。转化子菌株1382R3是通过农杆菌介导将fv-hmg1-RNAi载体转化至金针菇菌株并通过PCR检测筛选标记而得到。通过BLAST将转化子测序的reads对外源载体和基因组定位,找到具有基因组序列（GS）和外源载体序列（ES）两种序列的临界reads,并据此使用PERL语言程序成功在转化子1382R3菌株中找到两个插入位点。对两个插入位置的序列分析表明：在插入位点1,T-DNA片段部分插入;在插入位点2,T-DNA全部插入到基因组。两个插入位点都对基因组内源基因的表达造成了一定的干扰。此方法拓宽了高通量测序技术的应用范围,将其运用到遗传转化插入位置和拷贝数的研究中,有利于食用菌的功能基因组及基因工程研究。
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| 关 键 词： | 基因组重测序 农杆菌介导转化 金针菇 高通量测序 |
| 收稿时间： | 2015-04-01 |
Detection of the integration sites and copy numbers in an RNAi transformant of Flammulina velutipes using high-throughput sequencing |
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| Authors: | Tian-Sheng CHOU Wei WANG Le-Le SHI Yuan-Ping LU You-Jin DENG Bao-Gui XIE |
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| Institution: | Mycological Research Center, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, Fujian 350002, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | genome re-sequencing Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation Flammulina velutipes high-throughput sequencing |
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