微生物组数据分析方法与应用 |
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引用本文: | 刘永鑫,秦媛,郭晓璇,白洋.微生物组数据分析方法与应用[J].遗传,2019(9). |
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作者姓名: | 刘永鑫 秦媛 郭晓璇 白洋 |
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作者单位: | 中国科学院遗传与发育生物学研究所植物基因组学国家重点实验室;中国科学院遗传与发育生物学研究所中国科学院–英国约翰英纳斯中心植物和微生物科学联合研究中心;中国科学院大学现代农学院 |
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摘 要: | 高通量测序技术的发展衍生出一系列微生物组(microbiome)研究技术,如扩增子、宏基因组、宏转录组等,快速推动了微生物组领域的发展。微生物组数据分析涉及的基础知识、软件和数据库较多,对于同领域研究者开展学习和选择合适的分析方法具有一定困难。本文系统概述了微生物组数据分析的基本思想和基础知识,详细总结比较了扩增子和宏基因组分析中的常用软件和数据库,并对高通量数据下游分析中常用的几种方法,包括统计和可视化、网络分析、进化分析、机器学习和关联分析等,从可用性、软件选择以及应用等几个方面进行了概述。本文拟通过对当前微生物组主流分析方法的整理和总结,为同领域研究者更方便、灵活的开展数据分析,快速选择研究分析工具,高效挖掘数据背后的生物学意义提供参考,进一步推动微生物组研究在生物学领域的发展。
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