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牛科动物基因组GC含量与微卫星含量的相关性分析
摘    要:GC含量是基因组核酸序列组成的重要特征,其含量的变化与所在基因的起源、进化和功能变异等密切相关。本研究从共享数据库获取牛、绵羊和山羊各条染色体序列,搜索和统计其染色体序列GC含量,并与染色体序列微卫星(simple sequence repeats,SSRs)数量、丰度和密度等变量进行相关性分析。结果表明,牛科同物种不同染色体序列GC含量具有显著差异(t-test,p0.05),而不同物种(牛,绵羊和山羊)染色体序列GC含量相互比较无显著差异(t-test,p0.05)。牛和山羊染色体序列GC含量分布基本一致,它们GC含量最多的均是25号染色体,其次是19号和18号染色体,最少的是6号染色体。绵羊GC含量最多的是24号染色体,其次是11号和14号染色体,最少的也是6号染色体。通过Kendall's tau-b和Spearman's rho检验表明,牛、绵羊和山羊不同染色体序列SSRs数量与染色体序列长度呈高度正相关(p0.01),而与其染色体上GC含量呈中度负相关(p0.01)。牛、绵羊和山羊不同染色体上SSRs丰度和密度与其染色体序列GC含量呈负相关(p0.05),而与其染色体序列长度无相关性(p0.05)。

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