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基于模板的蛋白质结构预测
引用本文:黄俊峰,段鹏,吴文言.基于模板的蛋白质结构预测[J].生物物理学报,2011,27(1):28-37.
作者姓名:黄俊峰  段鹏  吴文言
作者单位:中山大学生命科学学院有害生物防治与资源利用国家重点实验室,广州 510275
基金项目:国家自然科学基金(30772722)、广州市科技计划(2009JI-C541)资助项目
摘    要:基于模板的蛋白结构预测和不依赖模板的蛋白结构预测是计算预测蛋白质三维结构的两种方法,前者由于具有快速和较高准确性的优点,而得到了广泛的应用.基于模板的结构预测是通过寻找与目标蛋白序列相似并且有实验测定的结构作为模板,进而构建目标序列的结构模型的方法.文章详细综述了基于模板的结构预测方法的步骤、关键环节,并对影响结构预测...

关 键 词:基于模板的蛋白结构预测  序列比对  结构精修  结构模型筛选
收稿时间:2010-06-07
修稿时间:2010-08-10

Template-Based Protein Structure Prediction
HUANG Junfeng,DUAN Peng,WU Wenyan State Key Laboratory of Biocontrol,School of Life Science,Sun Yat-Sen University,Guangzhou ,China.Template-Based Protein Structure Prediction[J].Acta Biophysica Sinica,2011,27(1):28-37.
Authors:HUANG Junfeng  DUAN Peng  WU Wenyan State Key Laboratory of Biocontrol  School of Life Science  Sun Yat-Sen University  Guangzhou  China
Institution:State Key Laboratory of Biocontrol, School of Life Science, Sun Yat-Sen University, Guangzhou 510275, China
Abstract:Methods for predicting three-dimensional structure of protein molecules can be classified into two categories: template-based modeling and template free modeling. Template-based prediction is widely used in application due to its speed and relatively high accuracy. This technique predicts the three-dimensional structure of a given protein sequence based primarily on its alignment to one or more proteins of known structure. In this paper, the progress in the methodology for template-based modeling is reviewed. The critical steps and factors that influence the prediction accuracy are analysed and discussed.
Keywords:Template-based modeling  Sequence alignment  Model refinement  Model selection
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