| 基于GNM方法研究人TDP-43-DNA相互作用动力学及关键位点 |
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| 引用本文： | 邓雪晴,王世豪,巩卫康,李春华.基于GNM方法研究人TDP-43-DNA相互作用动力学及关键位点[J].生物化学与生物物理进展,2021,48(12):1493-1500. |
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| 作者姓名： | 邓雪晴 王世豪 巩卫康 李春华 |
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| 作者单位： | 北京工业大学环境与生命学部,北京 100124,北京工业大学环境与生命学部,北京 100124,北京工业大学环境与生命学部,北京 100124,北京工业大学环境与生命学部,北京 100124 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31971180,11474013）资助项目. |
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| 摘 要： | TAR DNA结合蛋白43（transactive response DNA binding protein 43,TDP-43）,一种可变剪切因子,可以特异性地结合富含TG序列的DNA,涉及多种神经退行性疾病. 分子动力学模拟方法虽然是研究分子间相互作用强有力的工具,但它非常耗时,且难以对有大的构象变化的体系进行充分采样来研究其变构行为. 本工作使用粗粒化的基于弹性势的高斯网络模型（Gaussian network model,GNM）研究人TDP-43与靶标DNA间相互作用的动力学. 进一步地,利用本课题组之前提出的基于GNM的热力学循环方法识别TDP-43与DNA相互作用的关键残基,其微扰引起了大的结合自由能的变化. DNA结合后,TDP-43上富含正电残基的loop1和loop3片段有较大的柔性损失,这反映了它们在识别和结合中的诱导契合作用. 另外发现,基于热力学循环的方法不仅识别到一些与DNA特异性相互作用有关的重要残基,而且识别到一些远离结合界面但在结合引起的分子构象变化中发挥重要作用的残基. 本研究有助于理解TDP-43与DNA的特异性相互作用,可为药物设计提供重要信息,另外该方法可以很方便地拓展到其他蛋白质-核酸相互作用动力学的研究.
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| 关 键 词： | TDP-43-DNA相互作用 高斯网络模型 关键残基 相互作用动力学 |
| 收稿时间： | 2021/4/29 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2021/6/4 0:00:00 |
Study on The Interacting Dynamics and Key Residues Between Human TDP-43 and DNA Based on GNM Model |
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| DENG Xue-Qing,WANG Shi-Hao,GONG Wei-Kang and LI Chun-Hua.Study on The Interacting Dynamics and Key Residues Between Human TDP-43 and DNA Based on GNM Model[J].Progress In Biochemistry and Biophysics,2021,48(12):1493-1500. |
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| Authors: | DENG Xue-Qing WANG Shi-Hao GONG Wei-Kang and LI Chun-Hua |
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| Institution: | Faculty of Environmental and Life Sciences, Beijing University of Technology, Beijing 100124, China,Faculty of Environmental and Life Sciences, Beijing University of Technology, Beijing 100124, China,Faculty of Environmental and Life Sciences, Beijing University of Technology, Beijing 100124, China,Faculty of Environmental and Life Sciences, Beijing University of Technology, Beijing 100124, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | TDP-43-DNA interactions GNM key residues interacting dynamics |
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