| 基于HNP三态模型及相对熵方法的蛋白质折叠研究 |
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| 作者姓名： | 苏计国 王宝翰 焦雄 陈慰祖 王存新 |
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| 作者单位： | 1. 北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京,100022
2. 中国科学院生物物理研究所,北京,100101 |
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| 基金项目： | 中国科学院资助项目;高等学校博士学科点专项科研项目 |
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| 摘 要： | 把20种氨基酸简化为3类:疏水氨基酸(hydrophobic,H)、亲水氨基酸(hydrophilic,P)及中性氨基酸(neutral,N),每个氨基酸简化为一个点,用其C!原子来代替.采用非格点模型,以相对熵作为优化函数,进行蛋白质三维结构预测.为了与基于相对熵方法的蛋白质设计工作进行统一,采用了新的接触强度函数.选用蛋白质数据库中的天然蛋白质作为测试靶蛋白,结果表明,采用该模型和方法取得了较好的结果,预测结构相对于天然结构的均方根偏差在0.30～0.70nm之间.该工作为基于相对熵及HNP模型的蛋白质设计研究打下了基础.
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| 关 键 词： | 氨基酸简化模型 相对熵 蛋白质折叠学科分类号Q615 |
| 收稿时间： | 2005-11-28 |
| 修稿时间： | 2005-11-282006-01-27 |
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