中国地方鸡种MHC B-LBⅡ新等位基因的遗传多态性研究 |
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引用本文: | 徐日福,李奎,陈国宏,徐慧,强巴央宗,李长春,刘榜.中国地方鸡种MHC B-LBⅡ新等位基因的遗传多态性研究[J].遗传学报,2007,34(2):109-118. |
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作者姓名: | 徐日福 李奎 陈国宏 徐慧 强巴央宗 李长春 刘榜 |
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作者单位: | 1. 华中农业大学动物科技学院,武汉,430070;扬州大学动物科技系,扬州,225009 2. 华中农业大学动物科技学院,武汉,430070 3. 扬州大学动物科技系,扬州,225009 4. 吉林农业大学动物科技学院,长春,130118 5. 西藏大学农牧学院畜牧兽医系,林芝,860000 |
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基金项目: | 引进国际先进农业科技计划(948计划);国家高技术研究发展计划(863计划) |
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摘 要: | 为研究鸡MHC B-LBⅡ基因的遗传多态性,首先在8个中国地方鸡种(藏鸡、仙居鸡、北京油鸡、固始鸡、斗鸡、丝羽乌骨鸡、白耳鸡和狼山鸡)B-LBⅡ基因第二外显子扩增了一长度为 175 bp 的 DNA 片段并进行 SSCP 基因型分析;在8 个地方鸡种共 467 个个体中检测到 37 个 PCR-SSCP 基因型;从被检样品中筛选出不同基因型的个体,并在其 B-LBⅡ基因组中扩增了一个包括其第二外显子和第二内含子在内长度为374 bp的片段,通过克隆和测序获得了该片段的核苷酸序列。经序列分析,在前述地方鸡种被筛选出的 30 个无血缘关系的个体中发现了 31 个 B-LBⅡ新等位基因,并参照哺乳动物 MHC II 类 B 等位基因命名规则进行了命名。对这 31 个 B-LBⅡ新等位基因长度为 374 bp 的 DNA 片段进行比对表明,在其第二外显子序列上共有 68 个多态性变异位点,其中简约性信息位点 51 个,单变异位点 17 个,具有丰富的遗传多态性。在这些多态性变异位点中,出现在遗传密码子第一和第二位上的碱基替换率分别为 36.76% 和 35.29%。等位基因序列间的相似性估测为 90.6%-99.5%;B-LBⅡ基因第二外显子的错义替换率和同义替换率分别为 14.64±2.67%和 2.92±0.94%。结果表明,B-LBⅡ基因的丰富遗传多态性主要是由基因重组和平衡选择效应所引起的。对 B-LBⅡ等位基因第二外显子所编码的 B-LBⅡ分子β1 结构域氨基酸序列比对发现,31 个 B-LBⅡ新等位基因属于 26 个等位基因主型;在β1结构域氨基酸序列的 33个变异位点上,存在 6 个同义替换和 27 个错义替换。分析认为,那些发生在多肽结合位点上的氨基酸错义替换与鸡 MHC B-LBⅡ分子的免疫特异性有关。该结果可为鸡的抗病育种研究提供分子生物学依据。
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关 键 词: | B-LBⅡ基因 遗传多态性 等位基因 PCR-SSCP检测 中国地方鸡种 B-LBⅡ gene |
收稿时间: | 24 March 2006 |
修稿时间: | 2006-03-24 |
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