| 果蝇启动子区域CpG岛和TATA框预测与分析 |
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| 引用本文： | 张小辉,祁艳霞,王玉琴,王占彬.果蝇启动子区域CpG岛和TATA框预测与分析[J].生物信息学,2010,8(1):82-85,90. |
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| 作者姓名： | 张小辉 祁艳霞 王玉琴 王占彬 |
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| 作者单位： | 河南科技大学动物科技学院,河南,洛阳,471003 |
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| 基金项目： | 河南科技大学科研启动费;项目 |
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| 摘 要： | CpG岛和TATA框在基因表达调控方面具有重要的作用,本研究从EBI核酸数据库中下载经试验证实的果蝇启动子序列共计1 917条,对其中的CpG岛、GC碱基分布和TATA框进行了分析。预测果蝇启动子序列中CpG岛的最佳参数组合为:GC最低含量为0.44,CpG最低出现率为0.6,CpG岛最小长度为200 bp,在此条件下,发现有84.82%的果蝇启动子中含有1~2个独立的CpG岛。果蝇启动子序列的平均GC含量为39.83%,GC碱基在启动子中的分布表现出规律性变化。果蝇启动子中TATA框的分布比较广泛,有32.86%的启动子中含有1个TATA框;有18.73%的启动子中含有2个TATA框;另有13.88%的启动子中含有2个以上的TATA框;此外,有34.53%的启动子没有TATA框。表明果蝇启动子中有比较丰富的CpG岛和TATA框。
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| 关 键 词： | 果蝇 启动子 CpG岛 TATA框 生物信息学 |
Prediction and analysis of CpG island and TATA-box in fruit fly promotor region |
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| ZHANG Xiao-hui,QI Yan-xia,WANG Yu-qin,WANG Zhan-bin.Prediction and analysis of CpG island and TATA-box in fruit fly promotor region[J].China Journal of Bioinformation,2010,8(1):82-85,90. |
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| Authors: | ZHANG Xiao-hui QI Yan-xia WANG Yu-qin WANG Zhan-bin |
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| Institution: | ZHANG Xiao-hui,QI Yan-xia,WANG Yu-qin,WANG Zhan-bin (College of Animal Science,Henan University of Science and Technology,Luoyang 471003,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Fruit Fly Promotor CpG island TATA-box Bioinformatics |
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