毛白杨真菌胁迫下miRNA靶基因预测和生物信息分析 |
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引用本文: | 廖维华,陈仲,叶梅霞,马焕弟,高凯,雷炳琪,安新民.毛白杨真菌胁迫下miRNA靶基因预测和生物信息分析[J].中国细胞生物学学报,2014(11). |
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作者姓名: | 廖维华 陈仲 叶梅霞 马焕弟 高凯 雷炳琪 安新民 |
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作者单位: | 北京林业大学林木育种国家工程实验室;林木花卉遗传育种教育部重点实验室;国家林业局树木花卉育种与生物工程重点开放实验室; |
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基金项目: | 十二五科技支撑项目(批准号:2012BAD01B0302);国家高技术研究发展计划(“863”项目)(批准号:2013AA102703)资助的课题~~ |
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摘 要: | 目前,关于杨树在真菌胁迫下其mi RNAs对基因的调控作用研究较少。准确快速地预测并鉴定mi RNA靶基因,对揭示真菌胁迫下mi RNAs在基因调控中的作用至关重要。该文根据mi RNA的进化保守性,通过靶基因预测软件ps RNATarget,以已知的毛果杨mi RNAs为探针,与毛白杨真菌胁迫下转录组的基因序列比对,找到其中347个mi RNAs的772个靶基因,分别编码与植物激素信号传导、植物病原互作、谷胱甘肽代谢等与植物抗病密切相关的蛋白。mi R393通过转录后水平作用于靶基因,调节生长素信号以响应多种外界刺激。该研究发现了mi R393的11个靶基因,主要参与生长素介导的信号通路;其中6个靶基因(SD1-13、CYP83B1、AFB2、TIR1、AFB3和PSBR)存在差异表达,这些基因是研究mi R393的生物学功能的关键候选基因。
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关 键 词: | 毛白杨 真菌胁迫 mi R 靶基因 |
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