基于转录组测序的葛根SSR标记研究与利用

该研究以‘桂粉葛1号’为材料，通过转录组测序的方法测得8.9 Gb clean reads，组装成137 629个转录本，最终得到83 811个Unigene序列。进化树分析表明，葛根和苜蓿、花生聚为一支。用MISA软件在83 811个序列中检测到25 452个简单重复序列(SSR)位点，三核苷酸重复的SSR数量最多，其次是二核苷酸重复。三核苷酸重复中，(AAG)_n是最普遍的重复单元(27.87%)。共设计了229对SSR引物，其中28对引物可以产生清晰的条带和丰富的多态性，被用于检测44份葛根资源的遗传多样性。在44个葛根资源的基因组DNA中共扩增出90个片段，其中89个条带有多态性，平均等位基因数为3.178 6。多态性信息量范围为0.083 0~0.774 2(平均数为0.455 7)。聚类分析显示遗传相似性系数范围为0.266 7~1.000 0。这些结果提示所检测的葛根资源在DNA分子水平存在着丰富的遗传多样性。当阈值为0.58时，44个资源可以划分为2个类群，且44份资源的类群划分与地理来源之间没有直接关系，但这些标记将是葛根遗传多样性研究可用的基因组资源。