| 水涝胁迫下辣椒转录组特征分析及EST-SSR标记开发 |
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| 引用本文： | 田怀志,郭 豪,田 浩,熊兴伟,张素勤,耿广东. 水涝胁迫下辣椒转录组特征分析及EST-SSR标记开发[J]. 广西植物, 2023, 43(11): 2055-2064 |
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| 作者姓名： | 田怀志 郭 豪 田 浩 熊兴伟 张素勤 耿广东 |
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| 作者单位： | 1. 贵州大学 农学院, 贵阳 550025; 2. 遵义市农业科学研究院, 贵州 遵义 563000; 3. 贵州大学辣椒产业技术研究院, 贵阳 550025 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(32260760); 贵州省科技计划资助项目(2022050, 20201Z002, 2021063, 20202102); 贵州省农业农村厅资助项目(黔财农[2022]89号)。 |
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| 摘 要： | ![]()
为开发适当的生物学工具以探索辣椒对水涝胁迫应答的分子机制,该研究对不同淹水处理的辣椒样本进行转录组分析,获得了丰富的序列数据,并在此基础上对SSR分子标记进行挖掘。结果表明:(1)辣椒转录组检测共获得128 939个Unigene,其总长度平均长度和GC含量分别是55 082 725、1 101 bp和40.57%。与七大功能数据库进行比较,分别有102 123个(NR: 79.20%)、110 157个(NT: 85.43%)、70 203个(SwissProt: 54.45%)、73 539个(KOG: 57.03%)、77 646个(KEGG: 60.22%)、77 442个(GO: 60.06%)以及68 216个(Pfam: 52.91%)个Unigene获得功能注释。发现脂质代谢、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、环境适应、次级代谢物生物合成、信号转导和翻译等途径在辣椒水涝胁迫应答中起重要作用。(2)从辣椒转录组数据中发掘到26 574个SSR位点分布在24 889个Unigene中。SSR的出现频率为20.61%,其中单核苷酸重复所占比例(37.26%)最高,其次是三核苷酸(31.00%)和二核苷酸(25.44%)重复类型,三者占EST-SSR总数的93.70%。在单核苷酸与二核苷酸中最多的基序类型为A/T、AG/CT和TC/GA,然后是AT和TA; 三核苷酸中最常见的基序类型是TTG/CAA和ACA/TGT。(3)用Primer 3在线工具设计了10 002对EST-SSR引物,随机选择30对引物进行PCR扩增,均可获得有效扩增。对3份辣椒材料进行扩增,其中7对引物可以扩增出目标条带。综上所述,在辣椒中优势SSR重复类型的基序结构和其他品种基本相近,并初步探索了辣椒水涝胁迫应答的分子机制,开发了EST-SSR标记,为辣椒耐涝遗传育种提供了参考。
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| 关 键 词： | 辣椒 水涝胁迫 响应机制 转录组 EST-SSR |
| 收稿时间： | 2022-11-10 |
Transcriptome characteristic analysis and EST-SSR marker development of Capsicum annuum under waterlogging stress |
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| TIAN Huaizhi,GUO Hao,TIAN Hao,XIONG Xingwei,ZHANG Suqin,GENG Guangdong. Transcriptome characteristic analysis and EST-SSR marker development of Capsicum annuum under waterlogging stress[J]. Guihaia, 2023, 43(11): 2055-2064 |
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| Authors: | TIAN Huaizhi GUO Hao TIAN Hao XIONG Xingwei ZHANG Suqin GENG Guangdong |
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| Affiliation: | 1. College of Agriculture, Guizhou University, Guiyang 550025, China; 2. Zunyi Academy of Agricultural Sciences, Zunyi 563000, Guizhou, China; 3. Industrial Technology Institute of Pepper, Guizhou University, Guiyang 550025, China |
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| Abstract: | ![]()
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| Keywords: | |
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