| 三年桐EST-SSR标记的开发与种质遗传多样性分析 |
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| 引用本文： | 贾宝光,林青,谭晓风,李泽,龙洪旭,向晖,张琳. 三年桐EST-SSR标记的开发与种质遗传多样性分析[J]. 植物遗传资源学报, 2016, 17(4): 625-636. DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2016.04.006 |
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| 作者姓名： | 贾宝光 林青 谭晓风 李泽 龙洪旭 向晖 张琳 |
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| 作者单位： | 中南林业科技大学/经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室/经济林育种与栽培国家林业局重点实验室/经济林培育与利用湖南省2011协同创新中心,湖南长沙,410004 |
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| 基金项目： | 国家林业公益性行业科研专项重点项目（201204403）；国家“948”项目（2012-4-42） |
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| 摘 要： | 以三年桐品种对年桐发育中的种子为材料,构建c DNA文库,获得3202个原始EST序列,经过去除冗余和低质量序列后,获得1047条非冗余单一序列,利用MISA软件从其中的173个非冗余EST序列中搜索得到212个SSR位点。其中,二核苷酸重复类型为主导(68.39%),其次是三核苷酸重复类型(25.94%),其优势基元为AG/CT(43.87%)、AT/AT(19.34%)和AGC/GCT(5.66%)。针对可设计引物的68个序列进行EST-SSR引物设计,结合PCR扩增和数据分析,鉴定出14对多态性标记,用该14对引物对169份三年桐种质资源进行遗传多样性检测,共得到41个等位基因(Na),平均每对引物扩增出2.93个等位基因,期望杂合度(He)变幅为0.08~0.63,平均值为0.33,多态性信息含量(PIC)变幅为0.08~0.56,平均值为0.3,表明14对EST-SSR标记多态性较高,能较好地反映三年桐种质的遗传多样性。三年桐种质资源按群体进行非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类分析,群体间的相似度变幅为0.9604~0.9986,遗传距离变幅为0.0022~0.0404,表明三年桐群体间的遗传多样性相对较低,亲缘关系较近。对169份三年桐种质资源个体进行聚类分析,结果显示不同地理种源的遗传关系缺乏明显的地理结构。
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| 关 键 词： | 三年桐 EST-SSR标记 多态性信息含量 遗传多样性 |
| 收稿时间： | 2015-08-10 |
| 修稿时间： | 2016-02-05 |
Development of EST-SSR markers and their use for genetic diversity analysis in Tung tree (Vernicia fordii) |
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| jiabaoguang,linqing,tanxiaofeng,lize,longhongxu,xianghui and zhanglin. Development of EST-SSR markers and their use for genetic diversity analysis in Tung tree (Vernicia fordii)[J]. Journal of Plant Genetic Resources, 2016, 17(4): 625-636. DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2016.04.006 |
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| Authors: | jiabaoguang linqing tanxiaofeng lize longhongxu xianghui zhanglin |
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| Affiliation: | JIA Bao-guang;LIN Qing;TAN Xiao-feng;LI Ze;LONG Hong-xu;XIANG Hui;ZHANG Lin;Central South University of Forestry and Technology/Key Laboratory of Cultivation and Protection for Non-Wood Forest Trees,Ministry of Education / Key Lab of Non-wood Forest Products of State Forestry Administration / Cooperative Innovation Center of Cultivation and Utilization for Non-Wood Forest Trees of Hunan Province; |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Vernicia fordii EST-SSRs polymorphism polymorphic information content genetic diversity |
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