| 大熊猫9个BAC的测序、注释和进化分析 |
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| 引用本文： | 郑杨,蔡晶,李建文,李波,林润茂,田凤,王晓玲,王俊.大熊猫9个BAC的测序、注释和进化分析[J].中国科学C辑,2009,39(10):933-939. |
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| 作者姓名： | 郑杨 蔡晶 李建文 李波 林润茂 田凤 王晓玲 王俊 |
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| 作者单位： | 中国科学院北京基因组研究所;中国科学院研究生院;深圳华大基因研究院;中国科学院昆明动物研究所;中德马普进化基因组学小组;遗传资源与进化国家重点实验室;华南理工大学生物科学与工程学院;Department;Biology;University;Copenhagen;DK-2200;Denmark; |
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| 摘 要： | 本文构建了相当于大熊猫10倍基因组覆盖度的BAC文库, 并随机挑选了其中9个BAC进行测序和组装, 9个BAC的选择满足更多基因更少重复序列的原则. 这9个BAC的组装将为评估基于新一代Illumina GA测序技术的大熊猫全基因组测序及组装的准确性提供有效资源. 运用同源比对和从头预测的方法, 对9个BAC, 共约878 kb的序列进行了基因和重复序列的注释以及进化分析. 一共预测到12个蛋白编码基因, 其中, 7个基因匹配到同源基因的功能注释. 这7个基因平均大小约41 kb, 编码区平均大小约1.2 kb, 每个基因平均约含6个外显子. 同时预测到7个tRNA基因. 大约27%的序列被注释为重复序列. 同时, 基于邻接法, 构建了包含人、小鼠、狗、猫以及大熊猫5个物种的物种进化树, 结果显示狗的基因与其他4个物种相比距大熊猫最近. 本实验结果提供了大熊猫9个BAC的详细序列及注释信息, 为对大熊猫的研究提供了数据资源.
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| 关 键 词： | 大熊猫 BAC文库 Sanger测序 组装 注释 进化 |
| 收稿时间： | 2009-04-14 |
| 修稿时间： | 2009-08-12 |
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