| 凋亡相关基因的整合分析及基因表达芯片的制备 |
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| 作者姓名： | 黄茉莉 孙道春 娄雅欣 尹燕斌 李川昀 张勇 高歌 王升启 伯晓晨 魏丽萍 李松岗 |
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| 作者单位： | 1. 北京大学生物信息中心,北京大学生命科学学院,北京大学蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室,北京,100871
2. 北京放射医学研究所,北京,100850
3. 国医学科学院,肿瘤研究所,肿瘤医院,细胞和分子生物实验室,北京,100021 |
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| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划(863)资助项目(2002AA231051). |
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| 摘 要： | 利用IPI和GenBank,收集了与凋亡相关的5 333条基因序列,用一定的标准,整合筛选得到1 384个凋亡相关的基因．通过亚细胞定位、组织表达差异显著性分析、自然正义/反义RNA对预测、基因簇在pathway上的定位、蛋白质/蛋白质相互作用等方面的分析发现,一些基因只在一个组织里显著差异表达,一些基因存在自然正义/反义RNA对现象,一些基因簇同时位于多条pathway等重要信息．同时,制作了一张凋亡相关基因的寡核苷酸芯片,并且对于一对NAIF1表达质粒转染前后的HeLa样品,通过该芯片的筛选,得到24个差异表达的基因．发现NAIF1过表达诱导的细胞凋亡,伴随了PAX2、PDCD8、PDCD10、DFFA、CASP7等基因表达的显著变化,同时还发现,U58668,该mRNA没有任何基因或蛋白质的注释信息,当camptothecin诱导U937细胞系凋亡时上调,在这里的NAIF1过表达诱导的HeLa细胞系中也上调(上述数据结果见http://gpcrome.cbi.pku.edu.cn:2005/chip)．
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| 关 键 词： | 凋亡 生物信息 NAIF1 生物芯片 |
| 收稿时间： | 2008-04-16 |
| 修稿时间： | 2008-05-07 |
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