| Profile-profile比对方法用于发现远距离同源模板 |
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| 引用本文： | 邢龙生,李娟,方慧生,陈凯先.Profile-profile比对方法用于发现远距离同源模板[J].生物信息学,2013,11(1):16-21. |
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| 作者姓名： | 邢龙生 李娟 方慧生 陈凯先 |
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| 作者单位： | 邢龙生 (中国药科大学生命科学与技术学院,南京市,210009)； 李娟 (南京市鼓楼医院血液科,南京市,210008)； 方慧生 (中国药科大学生命科学与技术学院,南京市,210009)； 陈凯先 (中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心,上海市201203上海中医药大学,上海市201203)； |
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| 摘 要： | 基于模板的模建方法是蛋白质结构预测领域中最为准确有效的方法,该类方法的成功与否对模板质量的要求较高。为待预测序列找寻合适的模板,本文提出了一种profile-profile比对的方法将查询序列同模板库中的已知结构蛋白进行比对,然后根据比对结果的Z-score得分高低顺序挑选出合适的模板。结果表明:本文的profile-profile比对方法在测试集上的性能明显优于PSI-BLAST,相比PSI-BLAST在测试集上的准确度提高了约14.3%,配对t检验的结果表明准确度的提高具有统计显著性。从而得出如下结论:本文的profile-profile比对方法可以用于为序列相似性较低的待预测序列搜索远距离同源模板,并用于指导后续的三级结构预测。
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| 关 键 词： | profile-profile比对 结构预测 远距离同源模板 PSI-BLAST |
| 收稿时间： | 2012/10/26 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2012/11/2 0:00:00 |
Profile-profile alignment method for detection of distantly homologous template |
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| XING Long-sheng,LI Juan,FANG Hui-sheng and CHEN Kai-xian.Profile-profile alignment method for detection of distantly homologous template[J].China Journal of Bioinformation,2013,11(1):16-21. |
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| Authors: | XING Long-sheng LI Juan FANG Hui-sheng and CHEN Kai-xian |
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| Institution: | 3,4 (1. School of life science and technology, China Pharmaceutical University,Nanjing 210009,China; 2. Hematology Department, Nanjing Drum Tower Hospital,Nanjing 210008,China; 3. Drug Discovery and Design Center of Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences,Shanghai 201203,China; 4. Shanghai University of Traditional Chinese Medicine, Shanghai 201203,China) |
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| Abstract: | |
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