| 火炬松DREB1基因的电子克隆与生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 林元震,郭海,黄少伟,刘纯鑫,刘天颐,陈晓阳.火炬松DREB1基因的电子克隆与生物信息学分析[J].生物信息学,2010,8(1):43-46. |
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| 作者姓名： | 林元震 郭海 黄少伟 刘纯鑫 刘天颐 陈晓阳 |
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| 作者单位： | 1. 华南农业大学林学院,广州,510642;华南农业大学热带亚热带林业生物技术实验室,广州,510642
2. 水利部水土保持植物中心,北京,100038 |
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| 基金项目： | 广东省自然科学基金重点项目 |
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| 摘 要： | 利用来自Forest TreeDB数据库中热胁迫cDNA文库ESTs聚类、拼接组装的Unigene以及基因GO注释,得到了假定的火炬松DREB1基因,全长1 293bp,具有完整的蛋白编码框的cDNA序列。采用DNAMAN软件分析碱基组成、限制酶切位点和重复序列等,结果发现,该序列与其他物种中克隆得到的DREB1具有较高的同源性,初步断定所电子克隆得到的cDNA序列为火炬松DREB1基因(PteaDREB1)。在此基础上,利用网上的公共数据库和相关软件(Antheprot等)对PteaDREB1编码的理化性质和一级结构进行分析,并模拟了其二级结构和三级结构。结果表明,该蛋白为疏水性非球形可溶蛋白,含有295个氨基酸,分子量为32.4kD,等电点为8.22;其二级结构以螺旋和卷曲为主,三级结构具有DREB蛋白家族中典型的结合DNA的AP2结构域。这进一步说明所克隆到的cDNA片断为火炬松DREB1基因。上述研究结果可为PteaDREB1基因下一步的分子克隆、功能鉴定和应用奠定基础,具有一定的现实意义和应用前景。
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| 关 键 词： | 火炬松 DREB1基因 电子克隆 生物信息学 蛋白结构预测 |
In silico cloning and bioinformatics analysis of DREB1 gene from Pinus teada |
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| LIN Yuan-zhen,GUO Hai,HUANG Shao-wei,LIU Chun-xin,LIU Tian-yi,CHEN Xiao-yang.In silico cloning and bioinformatics analysis of DREB1 gene from Pinus teada[J].China Journal of Bioinformation,2010,8(1):43-46. |
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| Authors: | LIN Yuan-zhen GUO Hai HUANG Shao-wei LIU Chun-xin LIU Tian-yi CHEN Xiao-yang |
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| Institution: | LIN Yuan-zhen1,2,GUO Hai3,HUANG Shao-wei1,LIU Chun-xin1,LIU Tian-yi1.2,CHEN Xiao-yang1,2 (1.College of Forestry,South China Agricultural University,Guangzhou 510642,China,2.Laboratory for Biotechnology in Tropical & subtropical Forest Science,3.Plant Materials for Soil and Water Conservation,Ministry of Water Resources,Beijing 100038,China) |
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| Abstract: | Based on the results of gene assembly and gene annotation of ESTs from heat induced cDNA library in the ForestTreeDB through program CAP3 and software AmiGo,putative Pinus DREB1 gene of a 1293 bp-length cDNA sequence with an full ORF was obtained.The basic composition,the restriction enzyme sites and the repeat fragments of PteaDREB1 gene were analyzed.It was found that PteaDREB1 gene encoded 421 amino acids with MW 32.4 kD and PI 8.22.The gene shared high similarity with other plant DREB1 genes,indicating ... |
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| Keywords: | Pinus teada PteaDREB1 in silico cloning bioinformatics protein structure prediction |
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