青藏高原不同海拔藏药独一味转录组分析

为了研究独一味(Phlomoides rotata)在不同海拔生境下基因表达差异及响应机制，本研究基于NR、 GO和KEGG等数据库进行差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)的注释，以及功能富集分析，获得独一味的DEGs,以及关联的代谢通路，并对注释获得的药用基因进行系统发育分析。结果显示，不同海拔独一味的DEGs,主要富集到植物激素信号转导、氨基酸的生物合成、萜类等次生代谢生物合成途径。其中，有4个基因在低温胁迫响应中起关键作用；鉴定出3个P5βR基因，其中2个基因编码环烯醚萜合成途径中的关键酶。系统发育结果显示，P5βR基因亚家族聚为两个分支(P5βR clusterⅠ和P5βR clusterⅡ)。本研究在转录组水平上发现独一味主要通过多种代谢途径，以及关键基因的调控表达来适应青藏高原高海拔生境。本研究为独一味不同海拔适应机制及独一味耐寒育种提供了数据支撑，为P5βR基因亚家族和环烯醚萜类生物合成的研究奠定基础。