| 桃儿七叶绿体比较基因组学分析 |
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| 作者姓名： | 马录花 宁佳奇 王永杰 赵敏 李以康 周华坤 |
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| 作者单位： | 中国科学院西北高原生物研究所, 青海 西宁 810008;中国科学院大学, 北京 100049;青海民族大学, 青海 西宁 810007 |
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| 基金项目： | 青海省应用基础研究项目（2019-ZJ-7072） |
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| 摘 要： | 为探究桃儿七(Sinopodophyllum hexandrum)不同叶绿体基因组特征,本研究以桃儿七5个叶绿体基因组为研究对象,借助生物信息学工具进行基因组图谱构建、重复序列分析、密码子偏好分析、反向重复序列区(inverted repeat, IR)/单拷贝区(single-copy, SC)边界分析、基因组序列比较分析及系统发育分析。结果表明:桃儿七5个叶绿体基因组全长为157 203–157 940 bp,为典型的叶绿体四分体结构,共注释出133–137个基因,说明桃儿七叶绿体基因组具有多样性。桃儿七不同叶绿体基因组简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)位点不同,单核苷酸A/T占主要优势,散在重复序列包括正向重复、回文重复和反向重复3类。密码子偏好分析显示有效密码子(effective number of codon,ENc)值为51.14–51.17,密码子偏好性弱,GC与GC3s所占比例小于50%,密码子偏向使用A和U碱基并且以A和U碱基结尾。桃儿七5个叶绿体基因组IR/SC边界和基因组序列均比较保守。系统发育分析结果表明桃儿七和北美桃儿七亲...
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| 关 键 词： | 桃儿七 叶绿体基因组 结构特征 系统发育分析 |
| 收稿时间： | 2022-05-16 |
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